bwa mem参数 BWA是一种用于短读序列比对的软件。BWA使用Burrows-Wheeler Transform (BWT)算法来构建索引,该算法在处理大型序列数据时速度较快,内存占用也较小,因此在NGS数据处理中广受欢迎。BWA mem是BWA的一个子命令,用于对较长的reads进行比对。以下是BWA mem的主要参数说明(详细可见BWA官方文档)。 1. -t/--...
如果mates.fq 缺省,且参数 –p 未设定,那么 reads.fq 被认为是 single-end; 如果mates.fq 存在,且参数 –p 未设定,那么 mem 命令会认为 read.fq 和 mates.fq 中的 i-th reads 组成一个read对 (a read pair),这个模式是常用的 paired-end mode。 如果参数 –p 被设定,那么, mem 命令会认为 read.f...
MEM:maximal exact matches 先做seeding alignment,再用SW算法做延伸 主要参数:-tINTNumberof threads[1]线程数,默认为1-kINTMinimumseed length.Matchesshorter thanINTwill be missed.Thealignment speedisusually insensitive tothisvalueunless it significantly deviates20.[19]最小种子匹配长度,影响比对速度,默认为19...
将其中的一条sam文件作为represent alignment,而另一条作为supplementary alignment (flag为2048)。 将上面的fastq文件去跑bwa,read有两条sam文件,第二条的flag值为2048: 2.bwa mem的-M -Y参数: -M:mark shorter split hits as secondary。就是把supplemenary alignment 变为no primary(flag值256) 。下面是bwa...
模式:BWA提供多种比对模式 (BWA-MEM、BWA-SW、BWA-backtrack),每种模式下有各自的参数可以调整。 数据格式:BWA的输出的数据格式 (SAM/BAM格式) 方便与其它工具使用 (SAMtools、GATK、Picard等) 高度兼容,方便进一步的数据处理和分析。 BWA参数介绍 STEP01: 在进行比对之前需要建索引 ...
BWA是一种能够将DNA序列,mapping到一个较大的参考基因组上的软件包,由三z种不同的算法:BWA-backtrack, BWA-SW 和 BWA-MEM组成。 BWA-backtrack 是用来比对 Illumina 的序列的,reads 长度能达到 100bp;而 BWA-SW 和 BWA-MEM 适用于更长一点的序列,可以从 70bp 到几Mbp。BWA-SW 与 BWA-MEM 有很多的共...
bwa主要用于将低差异度的短序列与参考基因组进行比对。主要包含三种比对算法:backtrack、SW和MEM,第一种只支持短序列比对(<100bp),后两种支持长序列比对(70bp~1M),并支持分割比对(split alignment)。MEM算法是最新的也是官方推荐的。 BWA-MEM 是一种新的比对算法,用于将测序 reads 或者组装后 contigs 比对至大型...
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