BWA mem是BWA的一个子命令,用于对较长的reads进行比对。以下是BWA mem的主要参数说明(详细可见BWA官方文档)。 1. -t/--threads:指定并行计算使用的线程数,默认为1个。 2. -k/--kmer-length:指定BWT构建过程中的k-mer长度,越大的kmer长度使得建立索引的时间增加,但查找的速度更快。BWA mem默认值为19,建议...
k-mer是指序列中的连续k个碱基,BWA-MEM使用了较长的k-mer来提高比对速度和特异性。 3. -M/--mark-secondary 标记次级比对(secondary alignment)。当一个read有多个可能的比对位置时,BWA会选择最好的那个作为主要比对,其他位置则被标记为次级比对。这个参数可以让BWA输出所有可能的比对位置。 4. -R/--RG <...
2、 Delta数据从原始表到Delta Q, 有两种方式:对于LO的数据源,是系统将Delta数据push到Delta Q的,然后在InfoPackage执行的时候,再把数据从Delta Q搬到BW.这就是PUSH的方式. 对于非LO的数据源,大部分采用time stamp的方式,在InfoPackage执行的时候,系统根据time stamp去源数据表获得delta数据,这些数据被送往Delta Q...
如果mates.fq 存在,且参数 –p 未设定,那么 mem 命令会认为 read.fq 和 mates.fq 中的 i-th reads 组成一个read对 (a read pair),这个模式是常用的 paired-end mode。 如果参数 –p 被设定,那么, mem 命令会认为 read.fq 中的 第 2i-th 和第 (2i + 1)-th 的 reads 组成一个 read 对 (a ...
使用BWA-MEM算法比对70bp-1Mbp的测序数据;简而言之,此算法是基于最大精确匹配(maximal exact matches,MEMs)的种子比对(seeding alignments),然后通过the affine-gap Smith-Waterman algorithm (SW)延伸种子长度。 当没有mates.fq文件以及 没有指定参数-p时,测序会被认为是单端测序。
bwa主要用于将低差异度的短序列与参考基因组进行比对。主要包含三种比对算法:backtrack、SW和MEM,第一种只支持短序列比对(<100bp),后两种支持长序列比对(70bp~1M),并支持分割比对(split alignment)。MEM算法是最新的也是官方推荐的。 BWA-MEM 是一种新的比对算法,用于将测序 reads 或者组装后 contigs 比对至大型...
2)BWA-MEM 相比于 NovoAlign 能够最大程度地 利用测序数据 , 将其比对至参考基因组上 . 至 少存在 2 个因素使得一部分短读序列不能比对至参考基因 组:一个是受到基因组本身复杂性的影响,部分源自 片段性重复区域的短读序列,无法比对或唯一比对至 正确位置;另一个是比对工具参数的设置也会拒绝一 些短读...
Usage: bwa mem [options] ref.fa reads.fq [mates.fq] Options: -t INT 线程数,默认是1,增加线程数,会减少运行时间。 -M 将 shorter split hits 标记为次优,以兼容 Picard’s markDuplicates 软件。 -p 若无此参数:输入文件只有1个,则进行单端比对;若输入文件有2个,则作为paired ...
Usage:bwa mem[options]<idxbase><in1.fq>[in2.fq][options]#是一系列可选的参数。<idxbase>#参考基因组的索引文件,上面通过bwa index构建好的文件便是。<in1.fq>和[in2.fq]#输入的是质控后的fastq文件。 ## 调整灵敏度和速度 bwa mem-k19-w100ref.fa reads.fq>aln.sam-k ##设定最小种子长度。
bwa mem ref.fa reads.fq > aln-se.sam 单端测序 bwa mem ref.fa read1.fq read2.fq > aln-pe.sam 双端测序 (2) bwa aln ref.fa short_read.fq > aln_sa.sai bwa samse ref.fa aln_sa.sai short_read.fq > aln-se.sam bwa sampe ref.fa aln_sa1.sai aln_sa2.sai read1.fq read2....