bwa mem参数 BWA是一种用于短读序列比对的软件。BWA使用Burrows-Wheeler Transform (BWT)算法来构建索引,该算法在处理大型序列数据时速度较快,内存占用也较小,因此在NGS数据处理中广受欢迎。BWA mem是BWA的一个子命令,用于对较长的reads进行比对。以下是BWA mem的主要参数说明(详细可见BWA官方文档)。 1. -t/--...
bwa mem [options] ref.fa reads.fq > mem.sam 参数说明：参数命令说明 -t线程数，默认是...
如果mates.fq 存在,且参数 –p 未设定,那么 mem 命令会认为 read.fq 和 mates.fq 中的 i-th reads 组成一个read对 (a read pair),这个模式是常用的 paired-end mode。 如果参数 –p 被设定,那么, mem 命令会认为 read.fq 中的 第 2i-th 和第 (2i + 1)-th 的 reads 组成一个 read 对 (a ...
Bwa-back主要为reads错误率小于2%而设计。可通过命令行参数调整算法对错误率的容忍度,但其性能会迅速降低。对于Illumina读取,bwa-backtrack可以在比对前将3'端低质量碱基修剪,3'尾部有高错误率的很多reads能够完成比对,这是Illumina数据的典型特征。 BWA-SW和BWA-MEM在给定较长对准的情况下都容忍更多的错误。仿真表明...
bwa参数说明 常用参数说明 常用的参数index和mem,分别用来构建参考基因组的索引和比对算法 index index sequences in the FASTA format 在将测序数据比对到参考基因组上之前,要对参考基因组构建相应的索引,方便后续的比对 -a参数用于指定构建索引文件的算法,人类基因组选择的是bwtsw ...
BWA-SW：在reads具有频繁的gap时，比对更敏感，推荐本算法。reads长度一般为70bp-1Mbp，支持long-reads，split alignment。 BWA-MEM(首推)：在reads长度在70bp-1Mbp范围时，推荐本算法(除了上面两种情况)。支持long-reads，split alignment。BWA使用说明 使用手册 语法 bwa index ref.fa #首...
将其中的一条sam文件作为represent alignment,而另一条作为supplementary alignment (flag为2048)。 将上面的fastq文件去跑bwa,read有两条sam文件,第二条的flag值为2048: 2.bwa mem的-M -Y参数: -M:mark shorter split hits as secondary。就是把supplemenary alignment 变为no primary(flag值256) 。下面是bwa...
bwa index -a bwtsw hg19.fa # -a 参数:is[默认] or bwtsw,即bwa构建索引的两种算法,两种算法都是基于BWT的(BWT search while the CIGAR string by Smith-Waterman alignment.)。-a bwtsw对于短的参考序列是不工作的,必须要大于等于10Mb;-a is 不适用于大的参考序列,必须要小于等于2G; ...
bwa bwasw mem 区别 bw与bml PM面试分为BW、BO两部分,根据顾问的简历和应聘的岗位所侧重的问题不同。 BW包括基础知识、增量、增强、LO抽取、数据源。 BO包括 CR、CR、WEBI、UNI。 一、 基础知识 技术面试 1、 BW中的数据对象有Info Object,Cube,DSO,Info set,Multi-provider,visual provider. 其中IO,Cube,...