其中DESeq2可能是使用最多的,很多权威机构的分析流程都用的DESeq2,比如NASA: NASA GeneLab RNA-seq consensus pipeline: standardized processing of short-read RNA-seq data. iScience. 2021 Mar 26; PMID: 33870146. DESeq2通过对基因计数数据进行负二项分布建模,结合比值中位数法(median of ratios)和经验贝...
四、以DESeq2为例演示全过程 篇幅有限,本文仅演示基于DESeq2的差异分析全过程(基于counts进行分析,不能用tpm、fpkm等归一化后的数据,想获得练习数据,可在公众号输入:Bulk RNA-seq练习数据2)。 1.安装并加载R包(若有,则不用重新安装) install.packages('R.utils') #BiocManager::install('DESeq2') library(...
DEG_DESeq2 <- na.omit(DEG);dim(DEG_DESeq2) #[1] 22184 6 这一点已经有大佬分享了详细的讲解:《DESeq2, Why are some p values set to NA?》这里“拾人牙慧”做一下自己的笔记。 为了更好演示,这里采用与之前bulk RNA-seq | 下游分析 | 差异分析 DESeq2中不同的演示数据。从TCGA-COAD、GTEx...
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】 1:13:51 【2】预后模型构建和多种验证方法 单因素多因素COX模型 独立预后 绘制生存曲线 ROC曲线 验证方法【翰佰尔生物】 1:07:14 【3】单细胞分析零代码操作流程 单细胞技术原理 质...
火山图(Volcano Plot)RNA-seq等分析时常用的一种图,它能够清晰地展示显著上调和下调的基因,因作出来的图形如火山喷发,故而得名。 例如图中,X轴一般表示log2的倍数变化,Y轴一般表示-log10(p-value),不同颜色的点表示满足不同条件的基因,红色表示上调基因(P<0.05, Fold change >=2),蓝色表示下调基因,灰色表...
差异表达分析用于比较两个样本中同一个基因的的表达量是否存在差异。用到的统计方法是假设检验,所以样本需要重复。常用的软件包括DESeq2、edgeR,这里推荐使用trinity软件包的一个程序run_DE_analysis.pl,安装方法:conda install trinity run_DE_analysis.pl
bulk RNA-seq 实验中差异表达的基因代表条件之间大细胞聚集体中总表达水平的变化。因此,条件之间的表达倍增是重要且有意义的,因为它告诉我,在一种条件下表达基因 A 的细胞大约是另一种条件下表达基因 A 的细胞的两倍。对于单细胞“差异表达”,大多数时候我真正想知道的是哪些基因在一组细胞中表达,而在其他任何地...
该研究整合了Bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,系统探索了UTI在脓毒症中的潜在机制。结果显示,UTI通过是调节中性粒细胞活性来介导免疫调节作用。UTI对改善器官功能障碍的严重程度起着有益的作用。进一步的分析发现,与中性粒细胞具有形...
383 -- 5:33 App 单细胞RNA-seq分析方法【二】质量控制 435 -- 2:31 App 单细胞RNA-seq分析方法【六】无监督聚类和可视化 317 -- 2:17 App 单细胞RNA-seq分析方法【十】发育轨迹分析 1498 1 11:31 App 基因表达差异火山图的绘制及分析-Origin绘制火山图 399 1 1:46:58 App 全网独一份脑电...
bulk-RNAseq的差异表达分析方法,常用DESeq2和edgeR包,这2个包主要是基于R语言开发的,使用R语言进行分析 代码语言:javascript 复制 importpandasaspdimportnumpyasnpimportanndataasadimportmathimportseabornassnsimportmatplotlib.pyplotasplt from pydeseq2.ddsimportDeseqDataSet ...