两种技术的固有特性差异催生了互补性整合分析范式:RNA-seq提供高置信度的全局表达基线,而ST-seq揭示具有空间坐标的局部表达特征。在肝癌多组学研究中,这种整合策略展现出显著优势。举一个例子,当ST-seq在肿瘤-基质交界区检测到上皮间质转化(EMT)特征基因(如VIM、FN1)的梯度表达时,RNA-seq通过全组织水平的差异表达分析验证
scRNA-seq和BulkRNA-seq是转录组学的两个重要分支，所以它们的联合分析是以验证性为主。将二者联合分析作为验证，基于表达模式相关性，利用 Bulk RNA-Seq 数据进行评估，明确单细胞测序分析结果的准确性，或者两种测序结果也可以相互印证。接下来一起看看Bulk RNA-seq& scRNA-seq有哪些？在文章中是如何应用的？No.1...
转录组测序(bulk RNA-Seq)分析主要包括上游数据处理,下游数据分析。 上游数据处理是指将测得的原始的reads变成基因表达矩阵。 下游数据分析是指对表达矩阵根据生物学问题和意义进行可视化分析。 一 上游数据处理 1.质量控制:对原始测序数据进行质量评估,检查测序质量指标如序列长度分布、测序错误率等,确保数据的准确性和...
(1) 研究通过scRNA-Seq数据表征了来自卵巢癌腹水CAFs与癌细胞之间的相互作用和细胞传出与传入信号。 (2) 之后用bulk RNA-Seq数据分析了上述找到的关键PI3K-AKT通路相关基因的表达模式,确认是CAFs释放的信号分子激活了肿瘤细胞中的PI3K-AKT通路。 (3) 最后通过TCGA和GTEx数据库证实了PI3K-AKT通路的一组配体和受体的...
具体分析中，研究者通过单细胞数据观察到化疗前后AML细胞和免疫细胞的变化，并发现化疗敏感性与氧化应激反应强度有关。在AML中，特别是AML-BC组，氧化应激相关基因集A显示出致癌和预后作用。同时，bulk RNA-seq数据也支持了这些发现，进一步证实了氧化应激在AML治疗反应中的预测价值。文章总结，这项研究以...
在文章《RNA-Seq—特应性皮炎分子机制研究的利器》中,对RNA-Seq在特异性皮炎分子机制研究中的作用进行了详细的阐述,可全面分析组织、血液、石蜡包埋切片(FFPE)等样本的mRNA表达情况,探究特异性皮炎(AD)的发病机制,尤其是相关免疫和炎症通路,如Th1、Th2、Th17、Th22细胞极化过程等。
该研究整合了Bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,系统探索了UTI在脓毒症中的潜在机制。结果显示,UTI通过是调节中性粒细胞活性来介导免疫调节作用。UTI对改善器官功能障碍的严重程度起着有益的作用。进一步的分析发现,与中性粒细胞具有形...
bulk RNAseq：3月龄小鼠（n=3）和22月龄小鼠（n=3）研究背景 衰老会导致肺功能下降，也是全球第三大死亡原因——慢性肺病发展的主要危险因素。本文作者使用单细胞转录组学和基于蛋白质组学的质谱分析（mass spectrometry-based proteomics）来量化年轻和年老小鼠肺部30种细胞类型的细胞活性状态变化。作者发现，衰老会...
到目前为止,Bulk RNA-seq的差异分析主要涉及三种R包(又称为差异分析的三巨头):limma, edgeR, DESeq2。 下面先提供一下3种R包的官网使用说明: limma: 使用手册:https://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/limma/inst/doc/usersguide.pdf ...