1.Bulk RNA-seq(大量RNA-seq)、scRNA-seq、snRNA-seq的区别? (转录组测序即RNA-seq分为bulk、single cell、single nucleus三种测序技术) 传统的转录组测序技术(bulk RNA-seq)是基于群体细胞,每个样本包含成千上万个细胞,所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平,从而掩盖了不同细胞之间的表达异质性。 单细...
RNA-seq reads 分布 小云爱生信 382 0 第三讲 | R语言-R语言与Rstudio安装【寻因生物单细胞生信分析培训】 寻因生物 1038 1 刚确诊就进入生命倒计时!这类罕见病有多可怕? Z7正版老鸽 4.6万 142 第二期 | 创造10年无癌传奇的CAR-T疗法未来将走向何方?【单细胞很忙】 寻因生物 144 0 展开 ...
1.借助公共bulk RNA-seq数据分析了CCA的免疫微环境。 2.进一步通过H&E、IHC、MIHC等病理方法区分不同成熟阶段的TLS。 3.借助H&E染色组织切片将样本分为TLS阴性组和TLS阳性组,用bulk RNA-seq寻找差异基因,筛选TLS marker,并用IHC方法进行了验证。 4.根据TLS在肿瘤的不同区域进行划分,研究发现TLS在不同区域的不...
普通转录组测序（Bulk RNA-seq）是提取组织、器官、群细胞的TotalRNA进行测序，得到的是一群细胞中单个基因的平均表达水平，用来比较不同组织间的表达差异，但对内部细胞异质性较强的系统很多异常基因表达的信息会出现丢失。单细胞转录组测序（scRNA-seq）在单个细胞水平上构建每个细胞的基因表达谱，反映细胞异质性，但...
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2394、弹幕量 0、点赞数 96、投硬币枚数 51、收藏人数 362、转发人数 30, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
scRNA-seq和bulk RNA-seq 揭示与浆液性卵巢癌中较差总生存率相关的配受体。 研究背景: 浆液性卵巢癌是妇科肿瘤中死亡的主要原因,本研究全面揭示了肿瘤微环境中癌症相关的成纤维细胞(CAFs)和癌细胞之间的串扰,确定介导细胞通讯和干扰通路的关键配受体。
bulk RNA-seq | 下游分析 | 功能富集分析 ORA - clusterProfilermp.weixin.qq.com/s/in1O4Wte1jz8bqGwuAaAdw 参考文章: 1、生信技工:富集分析:(一)概述 2、联川生物:【联川沧海】富集分析ORA(通用富集分析)、FCS(GSEA、ssGSEA、GSVA)一网打尽 ...
综上所述,研究团队开发了基于决策树ML的Kassandra算法,使用批量RNA-seq重建肿瘤活检和血液中的细胞组成,并收集了一个包含不同细胞群9,400多个分类样本的RNA-seq数据库,用于创建人工转录组以训练、开发Kassandra。基于其独特的RNA特征,Kassandra算法可应用于不同细胞类型,可使人们更好、更全面地了解仅含RNA-seq数据的档...
该研究整合了Bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,系统探索了UTI在脓毒症中的潜在机制。结果显示,UTI通过是调节中性粒细胞活性来介导免疫调节作用。UTI对改善器官功能障碍的严重程度起着有益的作用。进一步的分析发现,与中性粒细胞具有形...