因此对于尚未研究TLS的癌种,可以试试这篇2023年在Frontiers in Immunology(IF=7.3)发表的Tertiary lymphoid structures predict the prognosis and immunotherapy response of cholangiocarcinoma 的方案--病理+bulk RNA-seq。 三级淋巴结构(Tertiary lymphoid structures,TLS),又名第三淋巴样器官或异位淋巴样结构,是非生理条...
(转录组测序即RNA-seq分为bulk、single cell、single nucleus三种测序技术) 传统的转录组测序技术(bulk RNA-seq)是基于群体细胞,每个样本包含成千上万个细胞,所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平,从而掩盖了不同细胞之间的表达异质性。 单细胞测序不同于传统的高通量测序,它是对于一个细胞群中的某一个细...
ssGSEA ，即单样本基因集富集分析（single sample gene set enrichment analysis, ssGSEA），是GSEA方法的扩展，可以计算每个样本和基因集配对的富集分数。BulkRNA-seq的数据，可以利用ssGESA方法，将单细胞转录组数据中细胞类型marker基因集，计算细胞在bulk-RNA-seq中每个样本的占比。文章应用：Integrated single-cell ...
转录组测序(bulk RNA-Seq)分析主要包括上游数据处理,下游数据分析。 上游数据处理是指将测得的原始的reads变成基因表达矩阵。 下游数据分析是指对表达矩阵根据生物学问题和意义进行可视化分析。 一 上游数据处理 1.质量控制:对原始测序数据进行质量评估,检查测序质量指标如序列长度分布、测序错误率等,确保数据的准确性和...
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】 01:13:51 【2】预后模型构建和多种验证方法 单因素多因素COX模型 独立预后 绘制生存曲线 ROC曲线 验证方法【翰佰尔生物】 01:07:14 【3】单细胞分析零代码操作流程 单细胞技术原理...
该研究整合了Bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,系统探索了UTI在脓毒症中的潜在机制。结果显示,UTI通过是调节中性粒细胞活性来介导免疫调节作用。UTI对改善器官功能障碍的严重程度起着有益的作用。进一步的分析发现,与中性粒细胞具有形...
现在纯生信文章还能发吗?当然可以!这篇文章零实验,scRNA-seq与bulk RNA-seq联 合分析,两种测序结果相互印证,轻松发7分+文章!关注起来,布小谷这里有很多生信热点等你来哦,手把手教你如何轻松上手生信文章!肿瘤相关成纤维细胞(CAF)在癌症进展中起重要作用,人们对C
旨在通过追踪单细胞最新研究热点,分享单细胞科研前沿信息,知识干货,为大家提供一个专业的单细胞测序分享与沟通交流平台。 如何做科研生物科学 知识 科学科普 生命 bulk RNA-seq 罕见病 测序 遗传病 寻因生物 发消息 全链条双平台单细胞测序应用引领者,关注公众号【寻因生物SeekGene】,获得更多单细胞测序资讯 ...
从bulk RNA-seq中分析了这些TF的表达模式,结果发现TF的表达量都随萌发而增加,证实了从scRNA中色素腺形成和发育的模型。 图7 色素腺形态发生和发育的TF调控网络 案例小结 1. 文章的单细胞数量不多,12222个细胞研究了棉花色素腺的形成和发育,并且发表在了Molecular Plant上,其文章特色是每一步都结合了bulk RNA-seq...