其原理是基于 RNA-Seq 技术中使用的建库方法。在建库过程中,首先将 RNA 片段反转录为 cDNA,并在其 3'端加上接头序列。然后,通过 PCR 扩增 cDNA 片段,产生大量的带有接头序列的 cDNA 分子。这些 cDNA 分子在测序过程中会产生大量的 reads(读取序列)。 在Bulk RNA 去重过程中,首先将所有样本的 reads 合并在一...
新格元同时提供单细胞免疫组测序和高通量bulk RNA+TCR/BCR同步建库技术,为免疫学家工具箱添加更多适配不同场景的解决方案。 新格元AccuraCode®高通量RNA+TCR/BCR同步建库技术结合了样本条形码(Well Barcode)与UMI(Unique Molecular Identifiers)定量方法,高效获取各孔中cDNA分子,然后混合纯化。同时巧妙地采用cDNA拆分技术...
单细胞测序技术很好的解决了bulk RNA-seq的问题,可以对单个细胞内的核酸(DNA或者RNA)进行捕获建库,因而获得单个细胞中的信息。单细胞分析(scRNA-seq)可以反映群体内细胞间的异质性和小群体细胞的重要功能,特别是细胞之间的细微差异也可以解析出。因此单细胞测序技术又被称为“分子显微镜”。 Bulk-seq与scRNA-...
一、sva包 原理: https://github.com/zhangyuqing/ComBat-seq sva的用户说明:http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/sva/inst/doc/sva.pdf 原理文章:《Adjusting batch effects in microarray expression data using empirical Bayes methods》《ComBat-Seq: batch effect adjustment for RNA-Se...
smart-seq2技术依赖于C1这个仪器,每次都是96个细胞一起测序,每个细胞的测序量这个综述可能是写错了,应该是1M-10M为佳,不太可能是100-1000个M,最重要的是它是整个RNA分子的全长测序,每个细胞都是独立的测序。 但是10X呢,每次可以测好几千的细胞,每个细胞只需要5-10K的reads,而且仅仅是测RNA分子的一段即可,全部...
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