) } 请注意,上述代码中的bsgenome.Hsapiens.UCSC.hg19只是一个示例,你需要根据你的具体需求选择适当的基因组数据包。 如果上述步骤仍然无法解决问题,请检查你的R和Bioconductor安装是否完整,或者考虑在R社区论坛、Stack Overflow等平台上寻求帮助。
运行结果如下：如此根据染色体序号循环即可得到保存整个基因组的CpG位点的RData。BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 包是基于IRanges，GenomeInfoDb，GenomicRanges， Biostrings，XVector这些包所所构建的。Biostrings 是 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 的一个基础包，其中的 matchPattern() 函数用于根据设定的 pattern...
seqinfo: 1 sequence from an unspecified genome; no seqlengths 如此根据染色体序号循环即可得到保存整个基因组的CpG位点的RData。 Biostrings BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19包是基于IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges, Biostrings,XVector这些包所所构建的。 Biostrings是BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19的一个基础包,其中的ma...
For example, if you've installed the BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 package, load it and see the Note section in 驴BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19`.Marc Carlson S Lianoglou 被引量: 0发表: 0年 [BioC] fail to load BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 For example, if you've installed the BSgenome.Hsapiens...
Biostrings 构建的,称为 BSgenome 数据包。BSgenome 数据包内包含的序列为 DNAString ,DNAStringSet 或 MaskedDNAString 对象。使用 Biostrings 包处理数 据包。 安装查 看 # 安装 BiocManager::install("BSgenome") ## Bioconductor version 3.18 (BiocManager 1.30.22), R 4.3.3 (2024-02-29 ...
加载并检查BSgenome包 library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19) Hsapiens 1 2 使用getSeq() 函数获取序列数据,或者通过传入GRanges对象来获取某个区域的数据 getSeq(Hsapiens, "chr1") #> 249250621-letter "DNAString" instance #> seq: NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN...NNNNNNNNNNNNN...
DNAString生成DNA对象,dna2rna()转换为RNA,transcribe()将dna转录成rna,rna2dna()rna转换成DNA,cDNA()对rna逆转录得到cDNA,codones查看rna三联子密码,complement()dna的互补链,reverseComplement()dna的反向互补链,reverse()dna的反向序列。 指定文件目录:filepath<-system.file("extdata","someORF.fa",package=...
安装BSgenome包(如果没有安装) source('https:///biocLite.R') biocLite('BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19') 载入BSgenome包,并查看当前版本提供的BSgenome数据包: library(BSgenome) (ag<-available.genomes()) unique(gsub('BSgenome\\.([^\\.]+).*','\\1',ag)) ...
[BioC] Package TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene_2.8.0.tar.gz has been checked and built It is expected that users may have previously made seen packages like org.Hs.eg.db and TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene. Packages like these two are ... ULAR Org 被引量: 0发表: 0年 [BioC] bioc...