) } 请注意,上述代码中的bsgenome.Hsapiens.UCSC.hg19只是一个示例,你需要根据你的具体需求选择适当的基因组数据包。 如果上述步骤仍然无法解决问题,请检查你的R和Bioconductor安装是否完整,或者考虑在R社区论坛、Stack Overflow等平台上寻求帮助。
载入需要的程辑包:rtracklayer>if(!require(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38))BiocManager::install("BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38")载入需要的程辑包:BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 Bioconductor version3.12(BiocManager1.30.10),R4.0.3(2020-10-10)Installingpackage(s)'BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38'installing the sou...
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19包是基于IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges, Biostrings,XVector这些包所所构建的。 Biostrings是BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19的一个基础包,其中的matchPattern()函数用于根据设定的pattern寻找目标string的起始和结束位点。结合BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19包的基因组数据可用于建立一些数据集,如Cp...
Biostrings 是 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 的一个基础包，其中的 matchPattern() 函数用于根据设定的 pattern 寻找目标 string 的起始和结束位点。结合 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 包的基因组数据可用于建立一些数据集，如CpG位点data；或保存其他的定序列的位点信息。
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38是生信技能树TCGA课程中讲到的需要使用的一个R包，所以我装了一个，发现这个包十分不好安装，现记录过程如下，方便后续使用。再次安装失败 安装成功！
For example, if you've installed the BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 package, load it and see the Note section in 驴BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19`.Marc Carlson S Lianoglou 被引量: 0发表: 0年 [BioC] fail to load BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 For example, if you've installed the BSgenome.Hsapiens...
Biostrings 构建的,称为 BSgenome 数据包。BSgenome 数据包内包含的序列为 DNAString ,DNAStringSet 或 MaskedDNAString 对象。使用 Biostrings 包处理数 据包。 安装查 看 # 安装 BiocManager::install("BSgenome") ## Bioconductor version 3.18 (BiocManager 1.30.22), R 4.3.3 (2024-02-29 ...
加载并检查BSgenome包 library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19) Hsapiens 1 2 使用getSeq() 函数获取序列数据,或者通过传入GRanges对象来获取某个区域的数据 getSeq(Hsapiens, "chr1") #> 249250621-letter "DNAString" instance #> seq: NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN...NNNNNNNNNNNNN...
安装BSgenome包(如果没有安装) source('https:///biocLite.R') biocLite('BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19') 载入BSgenome包,并查看当前版本提供的BSgenome数据包: library(BSgenome) (ag<-available.genomes()) unique(gsub('BSgenome\\.([^\\.]+).*','\\1',ag)) ...
[BioC] Package TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene_2.8.0.tar.gz has been checked and built It is expected that users may have previously made seen packages like org.Hs.eg.db and TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene. Packages like these two are ... ULAR Org 被引量: 0发表: 0年 [BioC] bioc...