BS-seq通过亚硫酸氢盐（Bisulfite）处理DNA序列，将基因组中未发生甲基化的胞嘧啶（C）转化为尿嘧啶（U），而甲基化的胞嘧啶包括5mC和5hmC则保持不变。这样可以将甲基化的C与未甲基化的C区分开来。接着进行PCR扩增，结合高通量测序技术，从而绘制出全基因组范围内单碱基分辨率的DNA甲基化图谱。4.2BS-seq应用 BS...
因此，亚硫酸氢盐处理引入了依赖于单个C残基甲基化状态的DNA序列的特定变化，从而产生有关DNA片段甲基化状态的单核苷酸分辨率信息，结合高通量测序技术，与参考序列比对即可检测样本DNA甲基化水平。WGBS（Whole-genome bisulfite sequencing），其实也是BS-seq。图 BS-seq检测流程。服务流程 服务流程 客户在线下单——订单/...
一、BS-seq建库策略 DNA甲基化修饰作为最早被发现的表观遗传修饰,在基因组稳定性、X染色体失活、个体衰老、果实成熟等方面起着重要作用。全基因组重亚硫酸盐测序技术(whole-genome bisulfite sequencing,WGBS)…
全基因组重亚硫酸盐测序(Whole genome bisulfite sequencing, WGBS/BS-seq)是DNA甲基化研究的金标准。今天就跟着伯小远一起学习一下DNA甲基化以及BS-seq技术是如何运用到植物DNA甲基化研究的吧。 1 DNA甲基化的定义 DNA甲基化是指在DNA甲基转移酶的催化下,以S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosyl methionine, SAM)为甲基...
亚硫酸氢盐测序(Bisulfite sequencing,BS-seq ,methseq),先使用亚硫酸氢盐处理DNA,然后上机测序来确定甲基化模式。如果听到 WGBS(Whole-genome bisulfite sequencing) ,其实也是BS-seq。 1 原理 用亚硫酸氢盐处理DNA可将胞嘧啶残基(C)转化为尿嘧啶(U),但5-甲基胞嘧啶残基(5mC)对其有抗性,并不会发生转变。
DNA甲基化分析:利用全基因组亚硫酸盐测序(WGBS-seq)技术分析CMT2和CMT2V1200R对全基因组甲基化水平的影响。转录组测序:通过RNA-seq分析CMT2V1200R介导CHG甲基化对基因表达的影响。自然变异分析:分析自然条件下的CMT2变异,以及这些变异对DNA甲基化和植物适应性影响。
ac4C acRIP-seq技术介绍 03:37 m5C bsRNA-seq技术介绍 03:26 m5C meRIP-seq技术介绍! 03:33 m6A meRIP-seq技术介绍! 03:18 绝对定量转录组测序 UMI RNA-seq保姆级介绍 02:02 BS-seq(WGBS)技术介绍 03:34 一个视频讲清ATAC-seq技术原理、操作流程、产品优势等内容! 03:45 CUT&Tag测序技术全...
DNA甲基化分析:利用全基因组亚硫酸盐测序(WGBS-seq)技术分析CMT2和CMT2V1200R对全基因组甲基化水平的影响。 转录组测序:通过RNA-seq分析CMT2V1200R介导CHG甲基化对基因表达的影响。 自然变异分析:分析自然条件下的CMT2变异,以及这些变异对DNA甲基化和植物适应性影响。
主要用来分析WGBS的数据, 安装过程如下 source(“http://bioconductor.org/biocLite.R“) biocLite(“bsseq”) bsseq的分析主要包括以下4步: 读取原始数据 1. 读取原始数据 bsseq要求的原始数据格式如下: 共6列数据,制表符分隔,每一行代表一个甲基化位点,前5列很好理解,描述甲基化位点的染色体位置和类别,默认情...
一文读懂DNA甲基化及BS-seq 技术标签:生信情报站生信流程生物信息生物信息学DNA甲基化BS-seqWGBSCpG islands 一、什么是DNA甲基化 DNA甲基化是一个生物过程,它会在在DNA分子中引入甲基化基团,但是甲基化并不会改变序列本身,而会改变DNA片段的活性。 在哺乳动物中,DNA甲基化对于正常发育必不可少,而且与很多生物学...