1数据处理 测序后得到的是原始的reads数据,接下来需要将reads重新比对到基因组上,通过比较差异来确定发生甲基化的位置和程度,处理流程如下图所示: 下面结合实例展示如何在Linux环境下将BS-seq的原始reads数据处理为单碱基甲基化水平。 1.数据下载 下载的原始数据一般有fastq和sra两种格式,本例中使用的数据是从sra数据...
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包括甲基化DNA免疫共沉淀测序(methylated DNA immunoprecipitation sequencing,MeDIP-Seq)、甲基结合蛋白测序(methyl-binding protein sequencing,MBD-Seq)和重亚硫酸氢盐测序(bisulfite sequencing,BS-seq),其中MeDIP-Seq和MBD-Seq都是基于富集的原理,而BS-seq不经过富集可以直接进行测序。 BS-seq是将bisulfite处理与高通...
BS-Seq数据分析流程 数据分析bp是什么意思 我们需要解决的问题: 1: 什么是bp 神经网络? 2:理解bp神经网络需要哪些数学知识? 3:梯度下降的原理 4: 激活函数 5:bp的推导。 1.什么是bp网络? 引用百度知道回复: “我们最常用的神经网络就是BP网络,也叫多层前馈网络。BP是back propagation的所写,是反向传播的意思...
BS-Seq数据标准化处理流程 前言 DNA甲基化(DNAmethylation):DNA甲基化在基因表达调控方面发挥重要作用,并与转座子和其他重复原件的沉默有关。异常的DNA甲基化和包括癌症在内的多种疾病有关。DNA甲基化是发生在DNA序列上的化学修饰——在DNA甲基转移酶(DNMT)的催化下,胞嘧啶的第5个碳原子被添加一个甲基形成5mC。