BSMAP先对参考基因组建立索引,存成哈希表,哈希表由键(key)-值(value)对构成,其中哈希表的键(key)储存参考基因组k-mer片段,而哈希表的值(value)储存序列片段在基因组中的坐标。考虑到BS-seq数据C/T mapping的问题,BSMAP穷举(enumerate)了参考序列k-mer片段的所有C/T组合变体,一并存入哈希表中。为了提高比对效...
1数据处理 测序后得到的是原始的reads数据,接下来需要将reads重新比对到基因组上,通过比较差异来确定发生甲基化的位置和程度,处理流程如下图所示: 下面结合实例展示如何在Linux环境下将BS-seq的原始reads数据处理为单碱基甲基化水平。 1.数据下载 下载的原始数据一般有fastq和sra两种格式,本例中使用的数据是从sra数据...
51CTO博客已为您找到关于BS-Seq数据分析流程的相关内容,包含IT学习相关文档代码介绍、相关教程视频课程,以及BS-Seq数据分析流程问答内容。更多BS-Seq数据分析流程相关解答可以来51CTO博客参与分享和学习,帮助广大IT技术人实现成长和进步。
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亚硫酸氢盐测序(BSseq)处理是最繁琐的下一代测序(NGS)应用程序之一。 尽管可以使用某些BSseq处理工具,但它们分散,需要令人费解的参数并且对运行时间和内存使用有严格的要求。 我们已经开发了P3BSseq,这是一个并行处理管道,可快速,准确和自动地分析BSseq读数,以修整,对齐,标注,记录中间结果,执行亚硫酸氢盐转化质量...
BS-Seq数据分析流程 数据分析bp是什么意思 我们需要解决的问题: 1: 什么是bp 神经网络? 2:理解bp神经网络需要哪些数学知识? 3:梯度下降的原理 4: 激活函数 5:bp的推导。 1.什么是bp网络? 引用百度知道回复: “我们最常用的神经网络就是BP网络,也叫多层前馈网络。BP是back propagation的所写,是反向传播的...
metilene:从BS-seq数据快速敏感地调用差异甲基化区域, 前言差异甲基化区域(DMR)的检测是表征不同表观遗传状态的必要先决条件。文章提出了一个新的程序,metilene,以较高的特异性和敏感性识别全基因组和目标数据中的DMR。与二维统计测试相结合的二进制分割算法,
1数据处理 测序后得到的是原始的reads数据,接下来需要将reads重新比对到基因组上,通过比较差异来确定发生甲基化的位置和程度,处理流程如下图所示: 下面结合实例展示如何在Linux环境下将BS-seq的原始reads数据处理为单碱基甲基化水平。 1.数据下载 下载的原始数据一般有fastq和sra两种格式,本例中使用的数据是从sra数据...