一、BS-seq建库策略 DNA甲基化修饰作为最早被发现的表观遗传修饰,在基因组稳定性、X染色体失活、个体衰老、果实成熟等方面起着重要作用。全基因组重亚硫酸盐测序技术(whole-genome bisulfite sequencing,WGBS)…
BS-seq即在测序之前使用亚硫酸氢盐处理DNA以确定甲基化水平。其原理主要是，用亚硫酸氢盐处理DNA可将胞嘧啶残基（C）转化为尿嘧啶（U），但5-甲基胞嘧啶残基（5mC）对其有抗性，并不会发生转变。因此，亚硫酸氢盐处理引入了依赖于单个C残基甲基化状态的DNA序列的特定变化，从而产生有关DNA片段甲基化状态的单核苷...
1. 读取原始数据 bsseq要求的原始数据格式如下: 共6列数据,制表符分隔,每一行代表一个甲基化位点,前5列很好理解,描述甲基化位点的染色体位置和类别,默认情况下bbseq用于分析CpG类型的甲基化位点。当然其他类型的数据,比如CHG,CHH也支持,但是需要调整参数。Cov代表覆盖到这个位点的reads数,M代表其中发生了甲基化的re...
亚硫酸氢盐测序(Bisulfite sequencing,BS-seq ,methseq),先使用亚硫酸氢盐处理DNA,然后上机测序来确定甲基化模式。 如果听到 WGBS(Whole-genome bisulfite sequencing) ,其实也是BS-seq。 1. 原理 用亚硫酸氢盐处理DNA可将胞嘧啶残基(C)转化为尿嘧啶(U),但5-甲基胞嘧啶残基(5mC)对其有抗性,并不会发生转变。
1数据处理 测序后得到的是原始的reads数据,接下来需要将reads重新比对到基因组上,通过比较差异来确定发生甲基化的位置和程度,处理流程如下图所示: 下面结合实例展示如何在Linux环境下将BS-seq的原始reads数据处理为单碱基甲基化水平。 1.数据下载 下载的原始数据一般有fastq和sra两种格式,本例中使用的数据是从sra数据...
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这一步骤是BS-seq的核心,也是甲基化测序的关键步骤。 接下来,对经过亚硫酸盐处理的DNA样本进行测序建库。测序建库包括DNA片段的断裂、连接测序引物、PCR扩增等步骤,最终得到DNA文库。DNA文库可以使用高通量测序技术进行测序,如Illumina测序平台。测序得到的原始数据可以通过数据分析得到每个碱基的甲基化信息。 BS-seq的...
在使用BS-seq进行DNA甲基化研究时，利用BS-seq数据比对结果，可以分析基因组中Cytosine位置的甲基化状态。BS-seq的比对方法和结果分析依赖于特定的映射程序，如BSMAP，以处理甲基化测序的独特挑战。在处理BS-seq数据时，应注意选择正确的映射程序参数，以确保准确的甲基化比率估计。BS-seq的原理和比对方法在...
然而,约 1.67% 的低甲基化 CpGs (103 CpGs) 在 EM-seq 中的检测值高于 BS-seq (图1. b)。非 CG 甲基化在大多数人类细胞中很罕见,因此可以被用作甲基化检测的非甲基化内参对照。为了进一步研究不完全转化,本研究从 BS-seq 和 EM-seq 数据中提取了含有 CHs 的 reads。BS-seq 比 EM-seq 观察到更多...
BSseq的原理是亚硫酸盐处理原始DNA，比对方法主要使用BSMAP程序，以下是详细解释以及接头添加的相关信息：1. BSseq的原理： 亚硫酸盐处理：BSseq全称是Bisulfite sequencing，其原理基于亚硫酸盐处理DNA。在这个过程中，未甲基化的胞嘧啶会被转化为尿嘧啶，在后续的DNA复制过程中，U会被替换为胸腺嘧啶。而...