总结来看,BP、CC、MF分别从功能动态性(过程)、空间定位(结构)和分子机制(活性)三个维度解析基因功能。三者结合可全面揭示基因集在生物学系统中的角色,例如某癌症相关基因集可能在BP上富集“细胞增殖”、CC上定位“细胞膜”、MF上具有“激酶活性”,综合提示其通过膜信号转导...
GO富集分析主要涉及三个分支:生物过程(Biological Process,BP)、细胞组分(Cellular Component,CC)和分子功能(Molecular Function,MF)。下面将详细解释这三个分支在GO富集分析中的含义、应用方法,并提供相关的分析步骤、工具推荐及注意事项。 一、BP、CC、MF在GO富集分析中的含义 生物过程(BP): 描述生物学上发生的...
1,打开绘图页面 首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开GO BP、CC、MF三合一双侧条形图绘制页面,左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描述和结果示例。 http://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_GO_term_bp_cc_mf_left_right_bar_plot_191 图1.可视化页面 2,示例数据 点击右侧“示例...
1. BP（Biological Process）代表生物过程，涉及基因或蛋白质参与的生物学活动，例如细胞代谢、信号传导等。2. CC（Cellular Component）指的是细胞组成，描述基因或蛋白质在细胞中的位置和结构，例如核内、线粒体等。3. MF（Molecular Function）指的是分子功能，表示基因或蛋白质所具有的化学活性或能力...
BP指生物过程，描述基因或蛋白质参与的生物学活动，如细胞代谢、信号传导等。CC指细胞组成，用于描述基因或蛋白质所在位置和结构，如核内、线粒体等。MF指分子功能，表示基因或蛋白质具有的化学活性或能力，例如酶催化反应、DNA结合能力。这些术语来自GO框架，在研究中帮助科学家对功能进行注释与分类，并...
5.零代码GO富集分析—柱形图同时展示BP,MF,CC,KEGG 你看下面这篇文章,发表在scientific reports上。虽然被称为四大水刊之一,但是也毫不影响人家的影响因子上4.380。 下面就是这篇文章中的GO和KEGG富集分析图,眼尖的小伙伴应该一眼就能看出是用Excel画出来的。
http://www.bioinformatics.com.cn/batch_assign_goid_into_go_term_bp_cc_mf_t019 2, 粘贴待转换的GOIDs 将需要转换的GOID粘贴到必需输入输入框。一行一个GOID,名字必需是GO+冒号+数字串。 3, 提交,并下载结果 粘贴好待转的GOIDs后,点击提交按钮。约3s后,会出现结果页面。
1.基因富集工具DAVID介绍(一)-基因ID转换 | 2.基因富集工具DAVID介绍(二)-KEGG富集分析 | 3.基因富集工具DAVID介绍(三)-零代码展示KEGG富集结果 | 4.基因富集工具DAVID介绍(四)-GO富集分析及柱形图展示 | 5.GO和KEGG富集分析视频讲解 | 6.KEGG富集分析—柱形图,气
GO富集分析的结果通常用条形图表示,选择BP、MF、CC中差异基因数大于2的十个条目,条形高度越高,其富集基因数目越多,pvalue值越小。 在这里我们总结了3类常见应用及结构内容,如下所示: 条形图 点击蓝字 关注我们 一、常见柱形图 1. 图例 (一)模板
数据集数据集GSE35257和GSE121190中具有下调功能的差异表达基因 实验组和正常组差异表达基因的火山图 GO分析的BP、CC、MF三合一条形图 肾纤维化中差异表达基因的富集点气泡 肾纤维化中的差异表达基因的水平条形图 差异表达基因建立的PPI网络图 10个中心基因的相互作用图 相关文章1...