6.R语言入门-工欲善其事必先利其器 7.如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一)
6.R语言入门-工欲善其事必先利其器 7.如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一)
数据格式是这样的。 数据第A列是病人ID,B~E列是临床信息,其他列是病人的RNAseq数据。 你可以保存副本导出,然后自己读入。 library(ggplot2) library(RColorBrewer) library(SuppDists) #提供rJohnson()函数 1. 2. 3. data <- read.csv("BioInfoNotesData1.csv",row.names = 1) 1. 假如我们需要绘制某...
在raw data boxplot前倒下的多天以后爬到了PCA shiny-seq 复现 https://www.rna-seqblog.com/shiny-seq-advanced-guided-transcriptome-analysis/ 之前的倒在boxplot前的失败经验 终于搞定了如何用 raw data (一个表达矩阵,一个有两种分组信息的annotation file) 画出 boxplot 和 PCA. 反正作者代码一环套一环...
标签: 绘图 好文要顶 关注我 收藏该文 微信分享 Life·Intelligence 粉丝- 616 关注- 1 +加关注 0 0 « 上一篇: 常见的医学基因筛查检测 | genetic testing | 相癌症早筛 | 液体活检 » 下一篇: RNA-seq数据挖掘 | NCBI | GEO | 茶树 | data-driven analysis ...
breaks = seq(-0.02,0.08,by=0.02))+ theme_prism(axis_text_angle = 90, base_line_size = 0.1, base_fontface = "plain", base_family = "serif")+ labs(x=NULL, y=expression(paste(italic("D")," statistic")))+ theme(plot.margin = unit(c(0.2,0.2,2,0.2),'cm'))+ ...
进行差异基因表达 (DGE) 是 RNA 测序 (RNA-seq) 数据最常见的应用之一。 78260 经济学人风格统计分布图怎样绘制?!一行代码搞定 addboxplotggplot2legend DataCharm2021-09-17 今天小编给大家推荐一种绘制另类分布图的绘制方法,其可以绘制出经济学人风格的箱线分布统计图。当然,你可以将其看作是箱线图的另外一种...
在恶心excel2013及以下版本中,没有直接制作箱线图的图表工具,需要借助股价图,并对数据做少许变换才能做出箱线图的效果,不过自excel2016版本开始,箱线图已经成为内置图表,可以一键生成。 先跟大家讲解四分位数数据的整理工作。 这是本案例的原数据: 我们要制作出标准的箱线图: ...
☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) ☞如何从TCGA数据库下载miRNA数据(二) 2.合并得到表达谱矩阵,并进行归一化 具体可以参考 ☞如何合并TCGA表达谱数据 ☞零代码合并TCGA表达谱数据 3.搜集m6A甲基化相关的基因,根据需要做基因的ID转换 ...
Life·Intelligence 粉丝- 618 关注- 1 +加关注 0 0 « 上一篇: 常见的医学基因筛查检测 | genetic testing | 相癌症早筛 | 液体活检 » 下一篇: RNA-seq数据挖掘 | NCBI | GEO | 茶树 | data-driven analysis posted @ 2019-05-31 15:51 Life·Intelligence 阅读(6858) 评论(0) 编辑 收藏...