在单细胞RNA测序(scRNA-seq)研究中,Dotplot图是一种重要的可视化工具,用于展示基因表达模式和细胞群之间的差异。Dotplot图可以快速而直观地比较单个基因在不同细胞亚群中的表达水平,并发现可能存在的生物学趋势或群体特征。 本期内容中,我们将使用几种方法来绘制Dotplot图,以展示单细胞数据的丰富内容,并学会如何利用Do...
根据https://divingintogeneticsandgenomics.com/post/clustered-dotplot-for-single-cell-rnaseq/学习参数定制,使用complexheatmap绘制聚类点图,这里的参数较多,个人建议耐心看下去。 如果觉得这里比较繁琐的话,可以直接跳到最后的 四,scCustomize 一键出图 。 1,数据提取 提取上图中涉及到的 平均表达量矩阵 以及 表...
尽管这种可视化方法很受欢迎,特别是在单细胞 RNA 测序(scRNA-seq) 研究中,但用于制作点图的现有工具在功能和可用性方面受到限制。 今天介绍一个绘图工具——FlexDotPlot,这是一个R包,用于从多元数据(包括scRNA-seq数据)生成点图。它提供了通用且易于使用的解决方案,具有高度的多功能性。还提供交互式R Shiny应用程...
以前老赵分享过Dotplot的美化代码, 今天偶然间在github检索到某文章作者分享的一个R代码, 里头的Dotplot感觉还不错, 果断保存来复现。 library(ggpubr) library(ggimage) library(ggplot2) library(Seurat) lib…
本文详细介绍了绘制聚类点图（Dotplot）的多种方法，旨在提高单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析的可视化效果，以接近科学期刊中的高水平图表。本篇内容将分步骤引导读者实现这一目标，从基本的Seurat操作到更高级的定制化方法。首先，读者可以利用Seurat包的DotPlot函数绘制基本点图，随后，通过调整颜色、...
根据https://divingintogeneticsandgenomics.com/post/clustered-dotplot-for-single-cell-rnaseq/学习参数定制,使用complexheatmap 绘制聚类点图,这里的参数较多,个人建议耐心看下去。 如果觉得这里比较繁琐的话,可以直接跳到最后的 四,scCustomize 一键出图 。 1,数据提取 提取上图中涉及到的 平均表达量矩阵 以及 ...
R语言学习 - 富集分析泡泡图刚一出品,Y叔就说有硬伤。Y叔是著名富集分析软件clusterprofiler的原创,而且软件内集成dotplot,enrichmap,cnetmap(后续也实现这两个的一步出图)等画图方法,具体看这个教程http://guangchuangyu.github.io/2016/01/go-analysis-using-clusterprofiler/ 或 Biobabble公众号。
Single-cell RNA-seq data of mouse MOp54 and SSp55 can be accessed at the NeMO Archive for the BRAIN Initiative Cell Census Network via https://assets.nemoarchive.org/dat-ch1nqb7and https://assets.nemoarchive.org/dat-jb2f34y, respectively. osmFISH data of mouse SSp is available at http...
scDotPlot Dot plots of single-cell RNA-seq data allow for an examination of the relationships between cell groupings (e.g. clusters) and marker gene expression. The scDotPlot package offers a unified approach to perform a hierarchical clustering analysis and add multiple annotations to the colum...
# this file is called config.yaml ignore_autobreaks: True # Skip steps to find breaks in synteny blocks diamond_or_blastp: "diamond" # "diamond" or "blastp" plot_LGs: True # Plot the ALGs based on the installed databases plot_sp_sp: True # Plot the synteny between two species, if...