二、index构建 # 1.下载安装## conda安装conda install-y bowtie2## 手动安装cd~/software/bowtie2/#安装目录wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zip unzip bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip# 2.建立bowtie2索引:cd~/software/re...
genome_index 指的是用于bowtie2的索引文件(如下图),而不是参考基因组本身,构建过程参考后文。 genome_index 需要指定路径及其共用文件名,比如我的索引文件放在/data/ref/bowtie2/mm10目录下,但是需要输入的参数为/data/ref/bowtie2/mm10/mm10。最后一个mm10指的是共用文件名。 必需参数 可选参数(常用) 2...
xingkx09:24:49~/ref/mm9 bt2结尾的文件,索引构建成功 $ cd clean#使用剪切过后的文件(chipseq)xingkx22:58:19~/chipseq/clean $ ls fastqcSRR391033.fastq.gz_trimming_report.txtSRR391033_trimmed.fq.gz(chipseq)xingkx22:58:21~/chipseq/clean $ bowtie2-p20-x../../ref/mm9/mm9-USRR391033_...
-a: is/bwtsw 构建index的算法，也是可以不写的。主要有以下两个选项：-a is 是默认的算法，虽然相...
maizev4: 为创建的索引文件指定的基本名。构建好的索引文件将以此为前缀。 执行完这条命令后,将会生成一系列以 "maizev4" 为前缀的 Bowtie 2 索引文件。这些索引文件可用于后续的序列比对任务。 2、DNA序列比对和分析 bowtie2 -x /10t/wz/SRR_Acc/index/index -1 /10t/wz/SRR_Acc/PRJNA/SRR8185562_1....
reverse: 1 Total time for backward call to driver() for mirror index: 00:56:19 花费一个小时左右。 结果: 跑完之后可以保存,直接调用就可以了。pwd确定文件目录的路径 #直接拷贝构建好的bowtie2索引 cp /home/training58/hicpro/hg19.*bt2 ./hg19...
对参考序列构建indexbowtie2-build genome.fasta index尝试使用前10000个reads进行比对bowtie2 -u 10000 -p 8 -x index -1reads1.fq -2 reads2.fq -S out.sam使用8个线程进行比对bowtie2 -p 8... 对参考序列构建indexbowtie2-build genome.fasta index尝试使用前10000个reads进行比对bowtie2 -u 10000...
构建索引 在使用 Bowtie2 进行比对之前,需要构建参考基因组的索引。命令如下: bowtie2-build reference_genome.fa reference_index reference_genome.fa 是参考基因组的 FASTA 文件。 reference_index 是生成的索引前缀。 比对步骤 执行以下命令进行比对: bowtie2 -x reference_index -U reads.fq.gz -S output....
3.1.1.构建索引(index) ## 在当前目录下(含有mm9.fa文件)/data/huangcan/reference/index/bowtie2/mm9/ bowtie2-build mm9.fa mm9 3.1.2.mapping singal-end "bowtie2 -p 10 -x /data/huangcan/reference/index/bowtie2/mm9/mm9 -U input.fq | samtools sort -O bam -@ 10 -o - > output....
1.构建 Bowtie2 索引: 在进行比对之前,必须先为参考基因组创建 Bowtie2 索引。这可以通过以下命令实现: bowtie2-build reference_genome.fasta reference_index 这里,reference_index 是输出索引的前缀。这个命令会生成一组以 reference_index 为前缀的索引文件。