bowtie2 -p 10 -x genome_index -1 input_1.fq -2 input_2.fq | samtools sort -O bam -@ 10 -o - > output.bam 需要注意的是: 这条命令把bowtie2 生成的sam文件通过管道|传递到samtools,将sam转换为bam文件,省去中间sam文件的空间占用 genome_index 指的是用于bowtie2的索引文件(如下图),而不...
unzip bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip# 2.建立bowtie2索引:cd~/software/reference/GRCh38_bowtie2/# 索引存放目录### hg38 index/home/username/software/bowtie2/bowtie2-2.5.3-linux-x86_64/bowtie2-build hg38.fa hg38# bowtie2-build命令在安装bowtie2的目录下找到# 第一个hg38.fa代表输入...
$ bowtie2-p20-x../../ref/mm9/mm9-USRR391033_trimmed.fq.gz-S../align/SRR391033.sam#bam文件不行,使用sam文件Errorwhileflushingandclosing output terminate called after throwing an instance of'int'Aborted(core dumped)(ERR):bowtie2-align exited with value134(chipseq)xingkx23:05:21~/chipseq...
可以一次为多个文件建立索引,文件名之间用,分隔 Step 2:比对reads bowtie2 -x lambda_virus -U /home/pxy7896/Downloads/bowtie2/example/reads/reads_1.fq -S eg1.sam 参数解释: -x:查看index文件首先在当前目录下找,找不到再去环境变量BOWTIE2_INDEXES下找。 -U:后面跟需要比对的read文件。多个用,分...
用法:bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1<m1> -2 <m2> | -U <r>} -S [<hit>]bowtie2-build用法bowtie2-build默认情况下将fasta文件换成index的数据库。bowtie2-build <fasta文件> <要生成的索引文件前缀名> 必须参数:-x <bt2-idx>由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。首先 在当前...
NAME.rev.1.bt2, and NAME.rev.2.bt2, where NAME is <bt2_base>. --threads 使用的线程数 上述命令使用该fasta文件 /public/Reference/GRCh38.primary_assembly.genome.fa ，在当前位置产生前缀为 GRCh38 的index文件。单端测序比对 -x ：参考基因组index文件的前缀（包括路径） -U ...
1. -q/--query <filename>:指定输入序列文件。可以是FASTQ或SAM/BAM格式。 2. -x/--index <basename>:指定参考基因组的索引前缀。Bowtie2会生成一组文件来表示索引。 3. -1/--mates1 <filename>:指定第一对末端测序的文件,用于双末端测序数据。可以是FASTQ或SAM/BAM格式。 4. -2/--mates2 <filenam...
bowtie2-build默认情况下将fasta文件换成index的数据库。 bowtie2-build <fasta文件> <要生成的索引文件前缀名> 必须参数: -x<bt2-idx>由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。首先 在当前目录搜寻,然后在环境变量BOWTIE2_INDEXES中制定的文件夹中搜寻。
reverse: 1 Total time for backward call to driver() for mirror index: 00:56:19 花费一个小时左右。 结果: 跑完之后可以保存,直接调用就可以了。pwd确定文件目录的路径 #直接拷贝构建好的bowtie2索引 cp /home/training58/hicpro/hg19.*bt2 ./hg19...
-p:前缀名，可以不要，就会以参考基因组名直接命名索引文件 -a: is/bwtsw 构建index的算法，也是可以...