bowtie2-build --threads 30 Sl.fa Bowtie2-index/Tomato-bowtie-index 「参数:」 -threads 运行线程数量 --large-index 使用较大的索引。一般情况下基因组大于4G的时候,考虑使用大索引。 2.2 Bowtie2的比对 Single End: bowtie2 -p 10 -x 02_Geneome_index/Bowtie2-index/Tomato-bowtie-index -U in...
-U 质控后未配对(unpaired)的reads -S 所生成的SAM格式的文件前缀。默认是输入到标准输出 -p 线程数 # 可选输入参数 -q 输入的文件为FASTQ格式文件,此项为默认值 -f 输入的文件为FASTA格式文件 -5/--trim5 剪掉5'端长度的碱基,再用于比对(default: 0) -3/--trim3 剪掉3'端长度的碱基,再用于比对(de...
【生物软件及应用】短序列比对软件bowtie2, 视频播放量 1228、弹幕量 0、点赞数 16、投硬币枚数 10、收藏人数 30、转发人数 5, 视频作者 沙湖闲人, 作者简介 ,相关视频:【生物软件及应用】短序列比对软件bwa,【生物软件及应用】FastQC,【生物软件及应用】samtools,【生
默认情况下,bowtie2 会输出进展信息和警告信息,使用该参数可以禁止输出任何信息,仅保留计算结果。 2.2 –threads <int> 该参数用于指定线程数目,加快比对速度。通过多线程并行处理,可以充分利用计算资源。 2.3 –time 该参数用于输出比对过程的计时信息,有助于评估比对速度和性能。 2.4 -x <bt2-index> 该参数用于...
bowtie2[options]*-x{-1-2|-U}-S[] 必须参数: -x由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。首先在当前目录搜寻,然后在环境变 量BOWTIE2_INDEXES中制定的文件夹中搜寻。-1双末端测寻对应的文件1。可以为多个文 件,并用逗号分开;多个文件必须和-2中制定的文件一一对应。比如:"-1flyA_1.fq,flyB_1.fq...
一直认为 bwa 和 bowtie2 比对差异比较大，比对一组数据时均使用默认参数如下 BWA Bowtie2 看下bowtie2的比对结果 比对率为15.2%~52.4%，除去未比对上的reads，single mapped reads最多。 看下bwa的比对结果 选几个未mapped的reads查看 # V300032513L2C001R0020005307 这条read使用bowtie...
必须参数: -x <bt2-idx>由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。 -1 <m1>双末端测寻对应的文件1。可以为多个文件,并用逗号分开;多个文件必须和-2<m2>中制定的文件一一对应。 -2 <m2>双末端测寻对应的文件2. -U <r>非双末端测寻对应的文件。可以为多个文件,并用逗号分开。
bowtie2 --local -x lambda_virus -U /home/pxy7896/Downloads/bowtie2/example/reads/longreads.fq -S eg3.sam samtools:(可以输入命令,查询可以选择的参数) Step 5: sam转为bam格式 (binary format of sam) samtools view -b /home/pxy7896/Desktop/eg/eg2.sam -o eg2.bam ...
window中如何使用bowtie2 简介 window中如何使用bowtie2 工具/原料 window 方法/步骤 1 1.基本命令的使用如下 2 2.可选项输入如下命令 3 3.实现–end-to-end模式命令如下 4 4.实现–loca模式下的预设参数的命令如下 5 5.实现报告参数命令如下 6 6.实现输出参数命令如下 ...