1.bowtie/BWA # bowtie只允许mismatch,不允许gap;BWA都允许2.用bowtie的话是看不到gapopen的 bowtie1 不支持gap open 14bp(high quality)---14bp(low quality of high quality)--8bp(real low quality) 分成三断seed,seed1+seed2比对总共的mismatch <= 2,则继续8bp的比对;如果 > 2 直接放弃后面的...
CHIP-seq: Bowtie2、BWA用的比较多 RNA-seq: Tophat、Bsmap 甲基化:BS-seeker global---NW local--SW 好处是能够穷举出所有的比对情况,所以可以选择全局最优的结果;最大的缺点是比对的非常慢。BWT(Burrows-Wheeler Transform )第一步,在raw seq中加$符号,并平移,形成一个 raw m...