blastn-short -task:设置比对模式,通常情况会有一个默认task,这里要设置为blastn-short -word_size:尽可能小,这里设为7 -evalue:类似于p值的一个指标,越小说明越可靠 Tasks REF http://barcwiki.wi.mit.edu/wiki/blastTips https://web.cas.org/help/BLAST/topics/shrt_seq.htm https://www.jianshu.co...
blastn 多加上-taskblastn-short-word_size 7 -evalue 1 -task:设置比对模式,通常情况会有一个默认task,这里要设置为blastn-short -word_size:尽可能小,这里设为7 -evalue:类似于p值的一个指标,越小说明越可靠 Tasks REF http://barcwiki.wi.mit.edu/wiki/blastTips https://web.cas.org/help/BLAST/...
代码: b#-query 查询文件;-db 索引库;-task 比对模式;-word_size 字长,是指用作比对起始种子的序列长度,将查询序列分割成一系列特定长度的小的序列段(字段)或(搜索窗口);-outfmt 输出模式。 lastn -que…
官网的手册太垃圾了,想看还得是--help详细,下面是--help内容 USAGE blastn [-h] [-help] [-import_search_strategy filename] [-export_search_strategy filename] [-task task_name] [-db database_name] [-dbs…
在本地使用blastn做序列比对时,若序列长度太短,比如长度不足30bp,是不会有任何比对结果输出的,之前也遇到过这个问题。今天逛论坛看到了,解决办法是指定参数-task,执行网页blast模式,亲测可用。 eg : blastn-querytest.fa-dbdb_blast-evalue1e-6-outfmt6-outblast.res-taskblastn-short...
[-export_search_strategy filename] [-task task_name] [-db database_name] [-dbsize num_letters] [-gilist filename] [-negative_gilist filename] [-entrez_query entrez_query] [-db_soft_mask filtering_algorithm] [-subject subject_input_file] [-subject_loc range] [-query input_file] ...
# blastn -task blastn -query query.fa -subject subject.fa 3. Align two or more sequences, custom tabular output format, output to file: # blastn -query query.fa -subject subject.fa -outfmt '6 qseqid qlen qstart qend sseqid slen sstart send bitscore evalue pident' -out output.ts...
-task 规定搜索采用的策略:可选为'blastn' 'blastn-short' 'dc-megablast' 'megablast' 'vecscreen'. 默认为`megablast' 例子2: 常用的格式: blastn -db database_name -query input_file -outoutput_file -evalue evalue -max_target_seqs num_sequences -num_threads int_value -outfmt"7 qacc sacc ev...
第6步:用blastn搜索outerrepeat,-task blastn,表示somewhat blast,其他均为默认参数 makeblastdb-inreference_LTR_mask.single_letter.fa-out ref_mask-dbtype nuclforidinwtf19 wtf24 wtf4doblastn-query../../outerrepeat_JB22_${id}-dw.fa-db ref_mask-task blastn-outfmt7-out ref_mask.query_${id...
9.1.3 Mapping a cDNA/EST to a Genome Determining the correct structure of eukaryotic protein-coding genes isnt an easy task because genes are broken up into exons. One of the most accurate methods for determining exon-intron structure involves mapping transcripts back to their origin in a ...