blastn-short -task:设置比对模式,通常情况会有一个默认task,这里要设置为blastn-short -word_size:尽可能小,这里设为7 -evalue:类似于p值的一个指标,越小说明越可靠 Tasks REF http://barcwiki.wi.mit.edu/wiki/blastTips https://web.cas.org/help/BLAST/topics/shrt_seq.htm https://www.jianshu.co...
blastn 多加上-taskblastn-short-word_size 7 -evalue 1 -task:设置比对模式,通常情况会有一个默认task,这里要设置为blastn-short -word_size:尽可能小,这里设为7 -evalue:类似于p值的一个指标,越小说明越可靠 Tasks REF http://barcwiki.wi.mit.edu/wiki/blastTips https://web.cas.org/help/BLAST/...
短序列blastn空白输出问题 在本地使用blastn做序列比对时,若序列长度太短,比如长度不足30bp,是不会有任何比对结果输出的,之前也遇到过这个问题。今天逛论坛看到了,解决办法是指定参数-task,执行网页blast模式,亲测可用。 eg : blastn-querytest.fa-dbdb_blast-evalue1e-6-outfmt6-outblast.res-taskblastn-short...
b#-query 查询文件;-db 索引库;-task 比对模式;-word_size 字长,是指用作比对起始种子的序列长度,将查询序列分割成一系列特定长度的小的序列段(字段)或(搜索窗口);-outfmt 输出模式。 lastn -query tel.fa -db name -task blastn-short -word_size 7 -evalue 1 -outfmt 7 -out tel.out7 其中:端粒...
blastn -query test_query.fa -db refseq_rna -task blastn -dust no -outfmt 7 -num_alignments 2 -num_descriptions 2 ``` -task 规定搜索采用的策略:可选为'blastn' 'blastn-short' 'dc-megablast' 'megablast' 'vecscreen'. 默认为`megablast' 例子2: 常用的格式: blastn -db database_name -...
[-export_search_strategy filename] [-task task_name] [-db database_name] [-dbsize num_letters] [-gilist filename] [-negative_gilist filename] [-entrez_query entrez_query] [-db_soft_mask filtering_algorithm] [-subject subject_input_file] [-subject_loc range] [-query input_file] ...
官网的手册太垃圾了,想看还得是--help详细,下面是--help内容 USAGE blastn [-h] [-help] [-import_search_strategy filename] [-export_search_strategy filename] [-task task_name] [-db database_name] [-dbs…
BLASTNProtocols参数设置介绍.doc, HYPERLINK mk:@MSITStore:C:\\Documents%20and%20Settings\\Administrator\\桌面\\BLAST.chm::/NFO/lib.html [ Team LiB ] 9.1 BLASTN Protocols As we said earlier, most searches can be categorized as either mapping or explo
[-outfmt format] [-show_gis] [-num_descriptions int_value] [-num_alignments int_value] [-html] [-max_target_seqs num_sequences] [-num_threads int_value] [-remote] [-version] DESCRIPTION Nucleotide-Nucleotide BLAST 2.2.23+ blastn.exe -task blastn-short -db test -query interest.fa...