q.start:比对区域在查询序列(query id)上的起始位点; q.end:比对区域在查询序列(query id)上的终止位点; s.start:比对区域在参考序列(refer id)上的起始位点; s.end:比对区域在参考序列(refer id)上的终止位点; e-value:比对结果的期望值,将比对序列随机打乱重新组合,和数据库进行比对,如果功能越保守,则该...
'''*** utf-8 *** python v3.9*** Windows ***Function: V1MEANGS为一款从二代测序数据组装线粒体基因组软件,结果文件包含数条fasta序列,此脚本可将每条fasta序列从中提出,并进行blastn,然后下载xml文件,并将里面的关键信息提取出来(比对到的序列的ID、比对到的序列的title、E值、原始序列、比对详情、以及...
blastn -query input.fasta -db ref_db -out results.txt -evalue 1e-10 -num_threads 4 批量处理:循环调用或结合脚本自动化多序列比对,输出文件需按需命名以防覆盖。 在线工具使用:上传序列至NCBI Blast网页,选择“Nucleotide Blast”并调整参数,结果可通过图形界面交互分析。 5. 局限性及...
blastn -query <查询序列文件> -db <数据库名称> -out <输出文件名> -outfmt <输出格式> 复制代码 其中,<查询序列文件>是您希望进行比对的DNA序列文件的路径和名称,<数据库名称>是您想要用于比对的BLAST数据库的名称,<输出文件名>是输出结果文件的路径和名称,<输出格式>是您希望获得的结果格式代码。 例如,要...
在本地使用blastn做序列比对时,若序列长度太短,比如长度不足30bp,是不会有任何比对结果输出的,之前也遇到过这个问题。今天逛论坛看到了,解决办法是指定参数-task,执行网页blast模式,亲测可用。 eg : blastn -query test.fa -db db_blast -evalu
–query:指定要搜索的查询序列文件。可以是FASTA格式或其他常见的序列文件格式。 –db:指定用于搜索的数据库。可以是本地的序列数据库文件或使用远程服务器上的数据库。常见的数据库包括NCBI nr、nt、refseq等。 –out:指定输出文件的名称。结果将保存在指定的文件中。
lastn -query tel.fa -db name -task blastn-short -word_size 7 -evalue 1 -outfmt 7 -out tel.out7 其中:端粒的重复单元为7bp,端粒的查询文件序列包含四个重复单元(分别比对了序列只包含1、2、3个重复单元的查询文件,结果是没有匹配,不是很懂这个是为什么) $ cat tel.fa >tel CCCTAAACCCTAAACCCTA...
由于同一个subject和同一个query可能在不同的位置上都有匹配,-max-hsps这个参数就是为了设置同一个query和同一个subject的匹配结果最多可以在结果文件中保留多少个。 2.5 疑问 保留下来的是匹配度最好的吗?如果是的话,那么保留下来的这个的evalue一定得是最小的。
20220518_blastn结果转化为gff格式文件 01 准备数据库序列文件以及待比对序列文件 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 (base)dell@dell-server:~/test$ ls-lhtr 总用量 904K-rw-rw-r--1dell dell 450K5月1817:45query.fastq-rw-rw-r--1dell dell 450K5月1817:45target_db.fastq ...
黏贴 CDS 序列到 TBtools 的 Query Seq,其他的不修改 3. 点击 Start,随后载入 IGV 我们可以看到,BlastN 整体上复现了原来的基因结构,说明还是 不错。 不过,一切基于纯粹的文本比较无法 100%结构正确,这个问题 以前分享过。 写在最后 洋洋洒洒,又是一篇推文。IGV 的设计是很不错的。可能 IGV 的 代码也是我看...