-db: 指定blast搜索用的数据库,同建库步骤的序列 -query:用来查询的输入序列,fasta格式 -out:输出结果文件 -evalue: 设置e值cutoff,e值越小,相似度越高 -outfmt format:设置输出格式, 6是tab格式,7是有注释行的tab格式 还有其他的参数 -max_target_seqs:设置最多的目标序列匹配数 -num_threads:线程数,指定...
blastn -query input.fasta -db ref_db -out results.txt -evalue 1e-10 -num_threads 4 批量处理:循环调用或结合脚本自动化多序列比对,输出文件需按需命名以防覆盖。 在线工具使用:上传序列至NCBI Blast网页,选择“Nucleotide Blast”并调整参数,结果可通过图形界面交互分析。 5. 局限性及...
每一列分别是query序列ID(qseqid)、subject序列ID(sseqid)、query序列匹配的开始位置(qstart)、query序列匹配的终止位置(qend)、subject序列匹配的开始位置(sstart)、subject序列匹配的终止位置(send)、这次匹配的e-value(evalue) 把这个命令的结果normal.txt作为标准,用来检测添加其他参数的影响。 normal.txt的内容...
http://www.docin.com/p-704735699.html 与之前的blast相比,新的blast+将blastn,blastx等合作与blastall命令分隔开来,对各个命令的参数定制更加方便个人在使用blastn的过程中总结了一些自认为常用的参数。 1、例子: blastn -db plant_rna -query test.fa -out test.out -evalue 0.00001 -max_target_seqs 5...
blastn -query-db-out-outfmt 3. 参数解释: –query:指定要搜索的查询序列文件。可以是FASTA格式或其他常见的序列文件格式。 –db:指定用于搜索的数据库。可以是本地的序列数据库文件或使用远程服务器上的数据库。常见的数据库包括NCBI nr、nt、refseq等。
blastn -query input.fasta -dbdatabase -out output.txt 命令中的-input.fasta是待比对的核酸序列文件名,-database是指定用于比对的数据库,-output.txt是指定输出结果的文件名。 除了基本的参数设置外,blastn函数还支持多种高级参数进行进一步的细化和筛选。以下是一些常用的高级参数: 1. -evalue:设置预期值(期...
在当前目录下新建两个文件夹 -max_target_seqs、num_alignments,为了比较这两个参数的不同,我们分别把-max_target_seqs和-num_alignments从1到500,分别运行500次,比较这500个结果之间的异同。 2.3.1-max_target_seqs $ for i in `seq 1 500`; do blastn -query otu.fa -outfmt '6 qseqid sseqid qst...
在本地使用blastn做序列比对时,若序列长度太短,比如长度不足30bp,是不会有任何比对结果输出的,之前也遇到过这个问题。今天逛论坛看到了,解决办法是指定参数-task,执行网页blast模式,亲测可用。 eg : blastn-querytest.fa-dbdb_blast-evalue1e-6-outfmt6-outblast.res-taskblastn-short...
It may be that the query is just found in many places. If you dont care about the details of the alignments, tabular format is convenient to parse and takes up much less space. See HYPERLINK mk:@MSITStore:C:\\Documents%20and%20Settings\\Administrator\\桌面\\BLAST.chm::/0596002998_...