使用以下命令格式运行blastn: blastn -query <查询序列文件> -db <数据库名称> -out <输出文件名> -outfmt <输出格式> 复制代码 其中,<查询序列文件>是您希望进行比对的DNA序列文件的路径和名称,<数据库名称>是您想要用于比对的BLAST数据库的名称,<输出文件名>是输出结果文件的路径和名称,<输出格式>是您希...
blastn -query aaa.fasta -subject aaa.fasta -out out -evalue 1e-5 -outfmt 6 二、blast结果 1. 比对结果输出 query_id refer_id identity alignment_length mismatches gap_openings q.start q.end s.start s.end e-value bit_score BA000030.4 CP023202.1 78.25 1209 226 26 15813 17004 7017078 70182...
可见,normal.txt的第89行,因为query ID和subject ID都与第88行相同(只是匹配上的位置有点不同),被过滤掉了,那么我们就可以得出结论了: 由于同一个subject和同一个query可能在不同的位置上都有匹配,-max-hsps这个参数就是为了设置同一个query和同一个subject的匹配结果最多可以在结果文件中保留多少个。 2.5 疑...
以下是blastn命令的基本格式: blastn -query-db-out-outfmt 3. 参数解释: –query:指定要搜索的查询序列文件。可以是FASTA格式或其他常见的序列文件格式。 –db:指定用于搜索的数据库。可以是本地的序列数据库文件或使用远程服务器上的数据库。常见的数据库包括NCBI nr、nt、refseq等。 –out:指定输出文件的名称...
在本地使用blastn做序列比对时,若序列长度太短,比如长度不足30bp,是不会有任何比对结果输出的,之前也遇到过这个问题。今天逛论坛看到了,解决办法是指定参数-task,执行网页blast模式,亲测可用。 eg : blastn -query test.fa -db db_blast -evalu
blastn 多加上 -task blastn-short -word_size 7 -evalue 1 -task:设置比对模式,通常情况会有一个默认task,这里要设置为blastn-short -word_size:尽可能小,这里设为7 -evalue:类似于p值的一个指标,越小说明越可靠 T
blastn-short -task:设置比对模式,通常情况会有一个默认task,这里要设置为blastn-short -word_size:尽可能小,这里设为7 -evalue:类似于p值的一个指标,越小说明越可靠 Tasks REF http://barcwiki.wi.mit.edu/wiki/blastTips https://web.cas.org/help/BLAST/topics/shrt_seq.htm ...
代码: b#-query 查询文件;-db 索引库;-task 比对模式;-word_size 字长,是指用作比对起始种子的序列长度,将查询序列分割成一系列特定长度的小的序列段(字段)或(搜索窗口);-outfmt 输出模式。 lastn -que…
write(f"Query : {hsp.query}\n") f3.write(f"Match : {hsp.match}\n") f3.write(f"Sbjct : {hsp.sbjct}\n\n\n\n") m+=1 pass pass pass pass except(ValueError): print(rf"{o}\result\{files[n]} not value") n+=1 if n == len(files): break if __name__ == '__main__...
importsubprocess# 定义命令行参数cmd=['blastn','-query','query.fasta','-db','database']# 执行blastn命令subprocess.run(cmd) 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 上述代码中,blastn是要执行的blastn程序,-query参数指定了查询序列文件,-db参数指定了目标数据库文件。你需要根据你的实际情况,将query.fasta和...