blastn -query-db-out-outfmt 3. 参数解释: –query:指定要搜索的查询序列文件。可以是FASTA格式或其他常见的序列文件格式。 –db:指定用于搜索的数据库。可以是本地的序列数据库文件或使用远程服务器上的数据库。常见的数据库包括NCBI nr、nt、refseq等。 –out:指定输出文件的名称。结果将保存在指定的文件中。
blastn -query <查询序列文件> -db <数据库名称> -out <输出文件名> -outfmt <输出格式> 复制代码 其中,<查询序列文件>是您希望进行比对的DNA序列文件的路径和名称,<数据库名称>是您想要用于比对的BLAST数据库的名称,<输出文件名>是输出结果文件的路径和名称,<输出格式>是您希望获得的结果格式代码。 例如,要...
1. 建库 makeblastdb -in xxx.fa -dbtype nucl 2. 进行序列比对 blastn -query yyy.fa -db xxx.fa -out out.txt -evalue 1e-5 -outfmt 6 -db: 指定blast搜索用的数据库,同建库步骤的序列 -query:用来查询的输入序列,fasta格式 -out:输出结果文件 -evalue: 设置e值cutoff,e值越小,相似度越高 -o...
1、例子: blastn -db plant_rna -query test.fa -out test.out -evalue 0.00001 -max_target_seqs 5 -num_threads 4 -outfmt format "7 qacc sacc evalue length pident" -query: 用来查询的输入序列,fasta格式 -db: 指定blast搜索用的数据库,详见上篇文章 -out: 输出结果文件 -evalue: 设置e值cutoff...
importsubprocess# 定义命令行参数cmd=['blastn','-query','query.fasta','-db','database']# 执行blastn命令subprocess.run(cmd) 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 上述代码中,blastn是要执行的blastn程序,-query参数指定了查询序列文件,-db参数指定了目标数据库文件。你需要根据你的实际情况,将query.fasta和...
代码: b#-query 查询文件;-db 索引库;-task 比对模式;-word_size 字长,是指用作比对起始种子的序列长度,将查询序列分割成一系列特定长度的小的序列段(字段)或(搜索窗口);-outfmt 输出模式。 lastn -que…
-outdatabase_name 2.然后用blastn比对 1 2 3 4 blastn -query #要比对的文件,接收fasta文件。 -db #要比对的数据库,用makeblastdb生成数据库会产生6个文件,只要写数据库的名词即可,后缀不要写。 -out#输出文件
1. 以input的reads为query,contigs(fa格式,包含在Clustering的输出文件中)为database. 2. blastn使用参数如下: -db 数据库文件名前缀 -query -out 输出文件名 -outfmt -num_threads -evalue -num_alignments -word_size -dust -gapopen -gapextend
建立数据库 makeblastdb -in db.fasta -dbtype nucl -out dbname 参数说明: -in:待格式化的序列文件 -dbtype:数据库类型,prot或nucl -out:数据库名 blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads 4 ...
subject_loc -entrez_query <String> Restrict search with the given Entrez query * Requires: remote -db_soft_mask <String> Filtering algorithm ID to apply to the BLAST database as soft masking * Incompatible with: db_hard_mask, subject, subject_loc -db_hard_mask <String> Filtering algorithm...