2. conda安装: 先conda search blast 查看包含哪些版本,最后选择所需要的版本进行安装,如: conda search blast conda install blast2.2.31 3. 参考文章 六、BLAST+的运行 1. 建库 makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -out dbname 主要参数说明: -in:待格式化的序列文件 -dbtype:数据库类型,prot或nucl ...
使用conda安装即可,包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等。 conda install -c bioconda blast # blast安装perl模块的方法 conda install perl-digest-md5 2. 构建数据库 在比对前,需要先用参考序列文件创建数据库: makeblastdb -in genome.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out ./index 注释: ...
要使用conda安装BLAST(Basic Local Alignment Search Tool),首先需要明确的是,BLAST本身并不是一个标准的conda包,因为它是由NCBI(National Center for Biotechnology Information)开发的一个复杂的应用程序,主要用于生物学数据的比对分析。然而,你可以通过conda的Bioconda或conda-forge频道来安装BLAST或其相关的conda包。 以...
conda install -c bioconda blast ##安装过程如下: Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.8.4 latest version: 4.11.0 Please update conda by running $ conda update -n base -c d...
包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 conda install -c bioconda blast # blast安装perl模块的方法 conda install perl-digest-md5 BLAST的主要理念 Search may take place in nucleotide and/or protein space or translated spaces where nucleotides are translated into proteins...
因为要使用本地blast 我从conda安装，命令如下：conda install -c bioconda blast 安装过程如下：Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.8.4 latest version:...
1.1 利用conda安装,关于conda请看之前的简文 代码语言:javascript 复制 #启动环境 $ source~/miniconda3/bin/activate $ conda install blast 比较简单 1.2 直接下载安装 首先在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/下载最新版本的BLAST程序。
第一步:Blast安装 Windows版本的Blast安装,参照前贴 《什么?我可以用windows电脑玩Blast?》 Linux服务器版本的Blast安装,可使用 Conda方法或者下载源码 Conda安装方法最简单,一条命令完成: conda install blast (前提是你的linux服务器上安装了conda。关于conda的介绍,请看前贴 《善用Bioconda,管理好自己的Linux工具库...
一、软件安装 使用conda安装 conda install blast 二、blast类型 三、blast的用法 1. 本地BLAST的基本步骤 1. 用makeblastdb为BLAST提供数据库 2. 选择blast工具,blastn,blastp 3. 运行工具,有必要的还可以对输出结果进行修饰 2. 建立检索所需数据库 ...
2.1 利用conda安装 conda install blast 2.2官网下载安装包,解压缩后安装 下载:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 解压缩 将目录添加到系统环境变量 3. 使用(以blastn为例) 3.1 两条序列进行比对 blastn -query<query.fa>-subject<subject.fa>-out<输出结果>-outfmt 0 -dust no...