max_hsps_1_dict[bn.qseqid][bn.sseqid] = bnelse: max_hsps_1_dict[bn.qseqid] = {bn.sseqid: bn}# 第一步:检查normal.txt去重完成后是否只剩244行了normal_cnt =0forqseqidinnormal_dict: normal_cnt +=len(normal_dict[qseqid])print('去除query ID和subject ID完全相同的行后,%s还剩下%s...
BLAST结果中每一行就是一个HSP(或者叫做hit),所以每一query在BLAST结果中都不止10行。 -max_hsps 规定了BLAST结果中每一条query对应的HSP的最大数量。注意与-max_target_seqs区分。由于BLAST结果中每一行就是一个HSP,所以如果将其设置为10,那么每一query在BLAST结果中都只有10行。 此外,在BLAST的标准输出(outfmt=...
-max_hsps:由于不对时一条序列比对成多段,如果只想输出其中的几段,就设定相应的数目,与-num_alignments不能同时使用; -outfmt:输出文件格式,总共有15种格式,一般设置为6。6是tabular格式对应BLAST的m8格式; 0 = pairwise, 1 = query-anchored showing identities, 2 = query-anchored no identities, 3 = fl...
- -max_hsps:设置返回比对结果的最大数量。较小的值可以加快计算速度,默认为0。 5.并行计算参数: - -num_threads:设置用于比对计算的线程数。可以根据计算资源和比对任务的大小来选择合适的值。 6.数据库参数: - -gilist:指定一个GI列表文件,以限制比对搜索的范围。 - -taxids:指定一个NCBI Taxonomy ID列表...
-max_hsps:根据evalue,为每query-subject对保留最大 HSP(对齐)数,其保证输出中每个query-subject对是唯一 -num_descriptions:显示此数量的数据库序列的单行描述结果,默认500 -num_alignments:显示此数量的数据库序列的比对结果,默认250 -max_target_seqs:显示此数量对齐(query)序列的比对结果,默认500,与num_descripti...
•-max_hsps:设置每个比对结果返回的最大高分片段数目。 3. 如何选择合适的blast参数? 选择合适的blast参数是进行BLAST比对的关键步骤,以下是一些选择参数的建议: 3.1 根据比对任务类型选择参数 不同的比对任务类型需要使用不同的参数。例如,对于核酸序列的比对任务,可以选择blastn或tblastn,并设置相应的参数;对于蛋白...
见BLASTN参数研究记之max_hsps。 2. 开始研究 2.1 NCBI给出的解释 max_target_seqs Number of aligned sequences to keep. Use with report formats that do not have separate definition line and alignment sections such as tabular (all outfmt > 4). Not ...
使用blast比对时,只保留一个最优结果 代码: blastn -db nt.blast.db -query seq.fa -out blast.nt.result -evalue 1e-5 -outfmt 6 -num_threads 30 -max_hsps 1 -num_alignments
16.高分值段对(HSPs):在BLAST比对结果中,指在两个序列中同时出现的相似部分。 17. 元数据库:元数据库是一个包含多个数据库的组合,可用于BLAST。例如,NCBI提供的“nr+nt”即是一个元数据库,包含了核酸和蛋白质数据。 18.查询覆盖率:指查询序列与目标序列比对的部分所占查询序列的百分比。查询覆盖率越高,表示...
blastn -db /cygene/database/refdata-cellranger-GRCh38-1.2.0/fasta/genome.fa -query $line -out $name.blastn.out -outfmt 7 -num_threads 20 -max_hsps 1 -max_target_seqs 1 只输出一条比对结果,这个参数试了下是没有问题的,只输出一条。(常用) ...