max_hsps_1_dict[bn.qseqid][bn.sseqid] = bnelse: max_hsps_1_dict[bn.qseqid] = {bn.sseqid: bn}# 第一步:检查normal.txt去重完成后是否只剩244行了normal_cnt =0forqseqidinnormal_dict: normal_cnt +=len(normal_dict[qseqid])print('去除query ID和subject ID完全相同的行后,%s还剩下%s...
BLAST结果中每一行就是一个HSP(或者叫做hit),所以每一query在BLAST结果中都不止10行。 -max_hsps 规定了BLAST结果中每一条query对应的HSP的最大数量。注意与-max_target_seqs区分。由于BLAST结果中每一行就是一个HSP,所以如果将其设置为10,那么每一query在BLAST结果中都只有10行。 此外,在BLAST的标准输出(outfmt=...
-max_hsps:由于不对时一条序列比对成多段,如果只想输出其中的几段,就设定相应的数目,与-num_alignments不能同时使用; -outfmt:输出文件格式,总共有15种格式,一般设置为6。6是tabular格式对应BLAST的m8格式; 0 = pairwise, 1 = query-anchored showing identities, 2 = query-anchored no identities, 3 = fl...
blastn -db /cygene/database/refdata-cellranger-GRCh38-1.2.0/fasta/genome.fa -query $line -out $name.blastn.out -outfmt 7 -num_threads 20 -max_hsps 1 -max_target_seqs 1 只输出一条比对结果,这个参数试了下是没有问题的,只输出一条。(常用) blastn-db/cygene/database/utr_500bp_index...
使用blast比对时,只保留一个最优结果 代码: blastn -db nt.blast.db -query seq.fa -out blast.nt.result -evalue 1e-5 -outfmt 6 -num_threads 30 -max_hsps 1 -num_alignments
未过滤的blast比对结果,所使用参数是:-outfmt 6 -max_hsps 1 -max_target_seqs 500 -num_threads 16 -evalue 1e-5 -perc_identity 70 -task megablast Note:-max_target_seqs 500为默认参数,代表query序列最多可以保留500条不同ref序列的比对结果。
16.高分值段对(HSPs):在BLAST比对结果中,指在两个序列中同时出现的相似部分。 17. 元数据库:元数据库是一个包含多个数据库的组合,可用于BLAST。例如,NCBI提供的“nr+nt”即是一个元数据库,包含了核酸和蛋白质数据。 18.查询覆盖率:指查询序列与目标序列比对的部分所占查询序列的百分比。查询覆盖率越高,表示...
blastp -query query.fa -db Ath_pep.fas -max_hsps 1 \ -num_alignments 1 -evalue 1e-5 -num_threads 2 \ -outfmt "6 qseqid sseqid qlen slen pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore qcovs stitle"\ -out tf.blast.out...
- -max_hsps:设置返回比对结果的最大数量。较小的值可以加快计算速度,默认为0。 5.并行计算参数: - -num_threads:设置用于比对计算的线程数。可以根据计算资源和比对任务的大小来选择合适的值。 6.数据库参数: - -gilist:指定一个GI列表文件,以限制比对搜索的范围。 - -taxids:指定一个NCBI Taxonomy ID列表...
blastp -query unknown.pep.fa -db /share/work/database/blastdb/swissprot/uniprot_sprot.fasta -num_threads 10 -evalue 0.000001 -seg yes -soft_masking true -lcase_masking -max_hsps 1... blastp -query unknown.pep.fa -db /share/work/database/blastdb/swissprot/uniprot_sprot.fasta -num_...