Short queries(短查询序列):修改此数值会影响期望值和字段长度 Expected threshold(期望值阈值): 期望值E是在一个数据库搜索中大于等于比对分数S的偶然发生的不同比对的个数。(比较重要的筛选指标) Word size(单词长度):默认为3,对BLASTP而言,大的单词长度会得到更精确的搜索结果。 Max matches in a query range...
remote:上面已经把nt nr下载到本地,如果不下载可以加 -remote,速度会慢 -evalue,默认10,设置输出结果的e-value。如果E小于10-5,说明两条序列有较高同源性,统计学意义显著。若小于10-6则表示同源性非常高。几乎可以百分百确定。 A:用我自己的一段序列查询 $ blastn -db mybp -query query.fa 结果如下: ...
>>>print"%s%s"%(blast_qresult.program,blast_qresult.version)blastn 2.2.27+>>>print"%s%s"%(blat_qresult.program,blat_qresult.version)blat <unknown version>>>blast_qresult.param_evalue_threshold# blast-xml specific10.0 想获得一个可访问属性的完整列表,可以查询每个格式特有的文档。这些是BLASTBLA...
To our surprise, we have recently discovered that this intuition is incorrect. Instead, BLAST returns the first N hits that exceed the specified E-value threshold, which may or may not be the highest scoring N hits. The invocation using the parameter ‘-max_target_seqs 1’ simply returns th...
E value: 氨基酸残基(或碱基)随机排列得到上述Score值的概率的大小。E值越小表示越匹配。 E=0表示完全配对,不存在随机配对。 核酸序列翻译成蛋白质序列,再和核酸数据库中的核酸序列翻译成的蛋白质序列逐一进行比对。 核酸 核酸 TBlastx 蛋白质序列和核酸数据库中的核酸序列翻译后的蛋白质序列逐一比对。 核酸 蛋白...
blastall是最常用的blast程序之一,其功能非常强大,其下面有非常多的参数,但是一般使用的参数如:-p、-i、-d、-o、-e等几个。 -p: 执行的程序名称 -d: 搜索的数据库名称 -i : 要查询的序列文件名(Query File) -e:(数学)期望值(Expectation value),E值是个统计阈值,缺省值10, 意指比对结果中由于随机偶...
我们引入了E-value这个值,E-value指在随机情况下获得跟当前比对相等或高于当前得分的比对条数。具体来说,如果一个比对结果的E-value值为10,则意味着有10个随机的比对等于或高于当前比对的得分。他不是一个概率,而是一个期望,所以可以大于1。m是querry sequence的长度,n数据库的大小,k,λ与你打分矩阵有关系,s...
构建新的PSSM,重复步骤3。这个过程不断迭代,直到没有符合要求(E-value threshold,比如0.005,有时可放宽至0.01)的新序列 具体步骤可阅读文章Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search program NCBI的一篇PSI-BLAST tutorial中列举了几个实际应用的例子: ...
blastall是最常用的blast程序之一,其功能非常强大,其下面有非常多的参数,但是一般使用的参数如:-p、-i、-d、-o、-e等几个。 -p: 执行的程序名称 -d: 搜索的数据库名称 -i : 要查询的序列文件名(Query File) -e:(数学)期望值(Expectation value),E值是个统计阈值,缺省值10, 意指比对结果中由于随机偶...
blast算法介绍