Short queries(短查询序列):修改此数值会影响期望值和字段长度 Expected threshold(期望值阈值): 期望值E是在一个数据库搜索中大于等于比对分数S的偶然发生的不同比对的个数。(比较重要的筛选指标) Word size(单词长度):默认为3,对BLASTP而言,大的单词长度会得到更精确的搜索结果。 Max matches in a query range...
文献中说“ PSI-BLAST was conducted with the E-value thresholds of 10-10次方for the initial BLAST search and the threshold of 10-15次方 for inclusion of the sequence in a position-specific matrix. 我看了PSI-BLAST界面,设定时不敢确定是在哪个输入框里输入这两个设定值,哪位高手可以帮我看看...
- 调整其他可选参数,如E值阈值(E-value threshold)、比对长度(Word size)、匹配/错配分数等。对于初学者,通常可以使用默认设置。 3. **运行BLAST**: - 点击“BLAST”按钮开始比对过程。等待时间取决于数据库的规模和服务器负载。 ### 三、查看和分析结果 1. **浏览结果页面**: - BLAST完成后,你将看到...
在BLAST程序选择上,应尽可能地利用blastp从蛋白质水平进行检索,然后用blastx、tblastn、tblestx从DNA或蛋白质翻译水平进行检索,最后才用blastn进行DNA水平进行检索。 当然如果为非编码序列只有采用blastn进行检索。 E-value的设置 如果检索的序列较短,可适当的提高E值,否则可能会找不到目的序列,反之如果序列较长可适...
>>>print"%s%s"%(blast_qresult.program,blast_qresult.version)blastn 2.2.27+>>>print"%s%s"%(blat_qresult.program,blat_qresult.version)blat <unknown version>>>blast_qresult.param_evalue_threshold# blast-xml specific10.0 想获得一个可访问属性的完整列表,可以查询每个格式特有的文档。这些是BLAST...
Expectation value (E) threshold for saving hits. Default = 10 -outfmt <String> alignment view options: 0 = Pairwise, 1 = Query-anchored showing identities, 2 = Query-anchored no identities, 3 = Flat query-anchored showing identities, ...
blastall是最常用的blast程序之一,其功能非常强大,其下面有非常多的参数,但是一般使用的参数如:-p、-i、-d、-o、-e等几个。 -p: 执行的程序名称 -d: 搜索的数据库名称 -i : 要查询的序列文件名(Query File) -e:(数学)期望值(Expectation value),E值是个统计阈值,缺省值10, 意指比对结果中由于随机偶...
我们引入了E-value这个值,E-value指在随机情况下获得跟当前比对相等或高于当前得分的比对条数。具体来说,如果一个比对结果的E-value值为10,则意味着有10个随机的比对等于或高于当前比对的得分。他不是一个概率,而是一个期望,所以可以大于1。m是querry sequence的长度,n数据库的大小,k,λ与你打分矩阵有关系,s...
megablast' 'megablast' 'rmblastn' > Task to execute Default = `megablast' -db <String> BLAST database name * Incompatible with: subject, subject_loc -out <File_Out, file name length < 256> Output file name Default = `-' -evalue <Real> Expectation value (E) threshold for saving hits...
(可以使用blastp-help查看):-query:输入文件的文件名,即基因组预测的基因蛋白序列-db:Blast数据库的名字及其路径-out:输出文件的文件名-evalue:设置输出结果的e-value值,大于此值的比对被舍弃,默认为10-word_size:K-letter words,应大于2,默认为3-matrix:计分矩阵名字,默认为BLOSUM62-threshold:最小的K-letter...