3.从最初始找到的hit里面去掉一些零散的hit，只保留hit cluster 4.使用E-value来评估比对的统计显著性 ...
blastn -query yyy.fa -db xxx.fa -out out.txt -evalue 1e-5 -outfmt 6 -db: 指定blast搜索用的数据库,同建库步骤的序列 -query:用来查询的输入序列,fasta格式 -out:输出结果文件 -evalue: 设置e值cutoff,e值越小,相似度越高 -outfmt format:设置输出格式, 6是tab格式,7是有注释行的tab格式 还有其...
以blastn 为例: blastn -dbdatabase_name-queryinput_file-outoutput_file-evalueevalue-max_target_seqsnum_sequences-num_threadsint_value-outfmtformat -db 指定blast搜索用的数据库 -query 用来查询的输入序列,fasta格式 -out 输出结果文件 -evalue 设置e值cutoff -max_target_seqs 设置最多的目标序列匹配...
blastn -db database -query query_file -out output_file -evalue evalue_cutoff -num_threads threads “` 这是blastn(用于核酸比对)的示例命令。其中,`-db`指定要使用的数据库名称,`-query`指定要比对的查询文件,`-out`指定结果输出到的文件,`-evalue`指定期望值(E-value)的阈值,`-num_threads`指定使用...
-evalue: 设置e值cutoff -max_target_seqs: 设置最多的目标序列匹配数 -num_threads:指定多少个cpu运行任务(依赖于你的系统,同于以前的-a参数) -outfmt format "7 qacc sacc evalue length pident" :这个是新BLAST+中最叼的功能了,直接控制输出格式,不用再用parser啦, 7表示带注释行的tab格式的输出,可以自...
-evalue: 设置e值cutoff -max_target_seqs:设置最多的目标序列匹配数(以前我都用-b 5 -v 5,理解不对请指教) -num_threads:指定多少个cpu运行任务(依赖于你的系统,同于以前的-a参数) -outfmt format "7 qacc sacc evalue length pident" :这个是新BLAST+中最拉风的功能了,直接控制输出格式,不用再用pars...
43、ted by e values5 X 10-14Default e value cutoff 10Gene LinkoutBLAST Output: AlignmentsIdentical matchpositive score(conservative)Negative or zerogapPosition Specific Iterative BLASTPSI-BLASTPSI-BLAST位点特异性反复BLAST。PSI-BLAST的特色是每次用profile搜索数据库后再利用搜索的结果重新构建profile,然后用...
-evalue: 设置e值cutoff -outfmt format "7 qacc sacc evalue length pident" :这个是新BLAST+中最拉风的功能了,直接控制输出格式,不用再用parser啦。 7表示带注释行的tab格式的输出,可以自定 义要输出哪些内容,用空格分格跟在7的后面,并把所有的输出控制用双引号括起来,其中qacc查询序列的 acc,sacc表示目标...
-evalue:设置e值cutoff -max_target_seqs:设置最多的目标序列匹配数（以前我都用-b5-v5,理解不对请指教） -num_threads：指定多少个cpu运行任务（依赖于你的系统，同于以前的-a参数） -outfmtformat"7qaccsaccevaluelengthpident"：这个是新BLAST+中最拉风的功能了，直接控制输出格式，不用再用parser啦，7...
-evalue:设置e值cutoff -max_target_seqs:设置最多的目标序列匹配数(以前我都用-b 5 -v 5,理解不对请指教) -num_threads:指定多少个cpu运行任务(依赖于你的系统,同于以前的-a参数) -outfmtformat "7qaccsaccevaluelengthpident":这个是新BLAST+中最拉风的功能了,直接控制输出格式,不用再用parser啦,7表示...