blastn -db database -query query_file -out output_file -evalue evalue_cutoff -num_threads threads “` 这是blastn(用于核酸比对)的示例命令。其中,`-db`指定要使用的数据库名称,`-query`指定要比对的查询文件,`-out`指定结果输出到的文件,`-evalue`指定期望值(E-value)的阈值,`-num_threads`指定使用...
blastn -query yyy.fa -db xxx.fa -out out.txt -evalue 1e-5 -outfmt 6 -db: 指定blast搜索用的数据库,同建库步骤的序列 -query:用来查询的输入序列,fasta格式 -out:输出结果文件 -evalue: 设置e值cutoff,e值越小,相似度越高 -outfmt format:设置输出格式, 6是tab格式,7是有注释行的tab格式 还有其...
以blastn 为例: blastn -dbdatabase_name-queryinput_file-outoutput_file-evalueevalue-max_target_seqsnum_sequences-num_threadsint_value-outfmtformat -db 指定blast搜索用的数据库 -query 用来查询的输入序列,fasta格式 -out 输出结果文件 -evalue 设置e值cutoff -max_target_seqs 设置最多的目标序列匹配...
-evalue: 设置e值cutoff -max_target_seqs: 设置最多的目标序列匹配数 -num_threads:指定多少个cpu运行任务(依赖于你的系统,同于以前的-a参数) -outfmt format "7 qacc sacc evalue length pident" :这个是新BLAST+中最叼的功能了,直接控制输出格式,不用再用parser啦, 7表示带注释行的tab格式的输出,可以自...
-evalue: 设置e值cutoff -outfmt format "7 qacc sacc evalue length pident" :这个是新BLAST+中最拉风的功能了,直接控制输出格式,不用再用parser啦。 7表示带注释行的tab格式的输出,可以自定 义要输出哪些内容,用空格分格跟在7的后面,并把所有的输出控制用双引号括起来,其中qacc查询序列的 acc,sacc表示目标...
-evalue: 设置e值cutoff -max_target_seqs:设置最多的目标序列匹配数(以前我都用-b 5 -v 5,理解不对请指教) -num_threads:指定多少个cpu运行任务(依赖于你的系统,同于以前的-a参数) -outfmt format "7 qacc sacc evalue length pident" :这个是新BLAST+中最拉风的功能了,直接控制输出格式,不用再用pars...
-evalue:设置e值cutoff -max_target_seqs:设置最多的目标序列匹配数（以前我都用-b5-v5,理解不对请指教） -num_threads：指定多少个cpu运行任务（依赖于你的系统，同于以前的-a参数） -outfmtformat"7qaccsaccevaluelengthpident"：这个是新BLAST+中最拉风的功能了，直接控制输出格式，不用再用parser啦，7...
从最初始找到的hit里面去掉一些零散的hit，只保留hit cluster 4.使用E-value来评估比对的统计显著性 ...
ESTs were aligned to the genome using a BLAST e-value cutoff of #10220. Assembly version 2 was used for all subsequent analyses. Annotation and analysis Automated gene predictions and annotations were performed using Calhoun (http:// www.broad.mit.edu/annotation/fungi/magnaporthe/gene_finding....
By setting the E value cutoff to 20,000 you do not change the way the search was done, but you do change which results are reported to you. Outline of today’s lecture BLAST Practical use Algorithm Strategies Finding distantly related proteins: PSI-BLAST Hidden Markov models BLAST-like ...