使用conda安装即可,包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等。 conda install -c bioconda blast # blast安装perl模块的方法 conda install perl-digest-md5 2. 构建数据库 在比对前,需要先用参考序列文件创建数据库: makeblastdb -in genome.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out ./index 注释: ...
(1)直接conda安装就行:conda install blast2.2.31 建议先去bioconda官网看一下软件名字和版本 (2)建库比对 makeblastdb -in /share/home/ncbi/genomic.fa -dbtype nucl -parse_seqids -out nucl_blastdb -logfile nucl_blastdb_log #核酸库makeblastdb -in /share/home/ncbi/pep.fa -dbtype prot -parse_...
由于BLAST本身可能不是直接的conda包名,你可能需要先搜索一下Bioconda中可用的BLAST相关包。可以使用以下命令来搜索: bash conda search blast 这个命令会列出所有与"blast"相关的conda包。注意,有时包名可能与应用程序的名称不完全相同。 安装BLAST或其相关包: 一旦你找到了合适的包名,就可以使用conda的install命令来...
Basic local alignment search tool (BLAST) 包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 conda install -c bioconda blast # blast安装perl模块的方法 conda install perl-digest-md5 BLAST的主要理念 Search may take place in nucleotide and/or protein space or translated spaces ...
# 安装blast$>>conda install-c bioconda blast# blast安装perl模块的方法$>>conda install perl-digest-md5 二、 BLAST使用方法 第(1)步:makeblastdb命令建立检索所需“数据库” blast数据库有两种类型:核酸数据库(关键字:nucl)和氨基酸数据库(关键字:prot)。
此外,还有一些第三方工具和平台提供了BLAST的集成服务,如Galaxy、Bioconda等,进一步方便了用户的使用。 BLAST在生物信息学中的应用 基因识别与注释 BLAST通过比对查询序列与已知基因序列库,可以帮助研究人员识别新的基因及其潜在功能。在基因注释过程中,BLAST能够快速找到与查询序列相似的已知...
简介:Basic local alignment search tool (BLAST)包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 Basic local alignment search tool (BLAST) 包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 conda install -c bioconda blast#blast安装perl模块的方法conda isnt...
如果你已经安装了conda(参考链接:善用Bioconda,管理好自己的Linux工具库),那可以采用极简式安装方法 conda install blat 如果没有conda,那也可以下载source code。 下载链接:https://hgwdev.gi./~kent/exe/linux/ 目前最新的版本是blatSuite.37.zip 下载方法 ...
因为要使用本地blast 我从conda安装，命令如下：conda install -c bioconda blast 安装过程如下：Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.8.4 latest version:...
(前提是你的linux服务器上安装了conda。关于conda的介绍,请看前贴 《善用Bioconda,管理好自己的Linux工具库》) 第二步:Blast测试 安装后,我们需要确认blast是否真的已经正确安装了。下面的演示我是用自己的windows电脑截图。Linux服务器基本操作一致,就不再单独截图了哈。