使用如viroBLAST和Sequenceserver(http://www.sequenceserver.com)软件包，用户可以建立一个简易的进行BLAST...
1.直接下载Index of /blast/db官网下载.tar.gz压缩包到本地 swissprot:https://ftp.ncbi.nlm.nih.g...
BLAST是“局部相似性基本查询工具”的缩写，由NCBI开发，用于序列相似性数据库搜索。常用程序包括Blastn、Blastp、Blastx等。BLAST基本原理是通过片段对概念进行高效搜索，计算复杂度是序列长度的线性。PSI-BLAST和PHI-BLAST则分别通过位置特异性迭代搜索和模式识别搜索提高准确性。BLAST资源包括NCBI提供的在线服...
Blast软件的详细使用方法 blastall -p blastn -i myRNA.fasta -d humanRNA.fasta -o myresult.blastout -a 2 -F F -T T -e 1e-10 解释如下: blastall:这是本地化/命令行执行blast时的程序名字!(Tips:blastall直接回车就会给出你所有的参数帮助,但是英文的) -p: p是program的简写,program在计算机...
1. 下载软件BLAST: 在以下网址ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 下载: ncbi-blast-2.2.29+-x64-linux.tar.gz (根据自己的操作系统选择)。 2. 解压: 解压后放在任意目录下都可以,把相应路径加入PATH变量就是。 比如解压到用户的主目录(/home/yonpen)下,把解压后的文件夹重新...
下载地址:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST 选择需要的版本进行安装即可 二、使用 1. 建库 makeblastdb-ingenome.cds.fa-dbtypenucl-titlegenome.cds.fa#DNA序列makeblastdb-ingenome.pep.fa-dbtypeprot-titlegenome.pep.fa#蛋白质序列 ...
一:下载安装该软件 在NCBI的ftp站点里面可以找到blast++的下载链接 wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz 我们一般选择适合我们操作系统的二进制版本,解压即可使用 可以把它们添加到PATH,前提是有root权限,或者把该目录添加到PATH也行。
wget-c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.12.0+-win64.exe 下载界面.png 需要先安装wget软件 或者百度网盘下载,留言获取。 安装好后测试。 系统变量查看.jpg 通过命令提示符转到命令行,或者SHIFT+鼠标右键,在此处打开Powershell窗口 ...
blastn:核酸序列与核酸库的比对,直接比对核酸序列的同源性。 tblastn:蛋白序列对核算库的比对,现将核酸库翻译成蛋白库,再将蛋白序列与翻译后的蛋白库进行比对。 tblastx:核酸与核酸数据库在蛋白质水平比较 image.png 1 使用方法 1.1 建库 ## 蛋白质数据库makeblastdb-inSwissPort.fa-input_type fasta-dbtype prot...