接着通过PDBParser解析PDB文件,就产生了Structure对象(在此例子中,PDB文件为’pdb1fat.ent’,’1fat’是用户定义的结构名称): >>> structure_id = "1fat" >>> filename = "pdb1fat.ent" >>> s = p.get_structure(structure_id, filename) 你可以从PDBParser对象中用get_header和get_trailer方法来提取...
虽然有老鸟和我说biopython有点过时了,很多时候自己造轮子就可以了,但是最近在写一些小脚本的时候发现biopython真的很棒,有很多轮子完全不需要重复造(可能我太菜了),关键是了解到有这些模块,所以下面简单copy一下目录。 Bio package Subpackages
导入所需的模块和库:from Bio import PDB 创建一个PDB解析器对象:parser = PDB.PDBParser() 使用解析器读取PDB文件:structure = parser.get_structure("PDB_ID", "path/to/pdb/file.pdb")其中,"PDB_ID"是PDB文件的标识符,可以自定义,"path/to/pdb/file.pdb"是PDB文件的路径。
然而许多PDB解析器都假定只有一个结构域, Bio.PDB 中的Structure 类就设计成能轻松处理含有不止一个模型的PDB文件。 举个例子,从一个结构对象中获取其第一个模型: >>> first_model = structure[0] 模型对象存储着子链的列表。 11.2.3 链 链对象的id来自PDB/mmCIF文件中的链标识符,是个单字符(通常是一...
Biopython的PDB模块可以处理CONECT记录。PDB(Protein Data Bank)是一个用于存储蛋白质结构的数据库,其中的CONECT记录用于描述原子之间的连接关系。Biopytho...
Bio.PDB模块可以从PDB和mmCIF文件加载分子结构,使用Bio.PDB,可以浏览大分子结构文件的各个组件,例如检查蛋白质中的每个原子。 可以进行常见分析,例如测量距离或角度,比较残留物和计算残留物深度。 群体遗传学 Bio.PopGen模块可以分析Hardy-Weinberg平衡,连锁不平衡和群体等位基因频率的其他特征。
使用Bio.SeqIO.to_dict() 函数将明确检查重复键,如果发现任何重复键将引发异常并退出 默认会使用每条序列条目的ID(i.e. .id 属性)作为键 如果你需要别的作为键,如登录号(Accession Number),可使用 SeqIO.to_dict() 的可选参数 key_function ,它允许你根据你的序列条目特点,自定义字典键,例如: ...
io = PDBIO() io.set_structure(chain_info) io.save('out.pdb',SelectAtom(chain_s,chain_e,new_list)) 2.3 读fasta序列 from Bio import SeqIO fastas = SeqIO.parse(fasta_file, 'fasta') for fasta in fastas: print fasta.id # 如果序列名有空格,只识别第一个空格前的内容 ...
要获取使用的输入文件,请单击此处。 Python3 # Import librariesfromBio.SeqIOimportparse# file path/locationfile=open('is_orchid.fasta')# Parsing the FASTA fileforrecordinparse(file,"fasta"):print(record.id) Python3 # Import librariesfromBioimportSeqIOfromBio.SeqIOimportparse# Parsing Sequenceseq_rec...
Bio.SeqIO now supports reading and writing two-line-per-record FASTA files under the format name "fasta-2line", useful if you wish to work without line-wrapped sequences. Bio.PDB now contains a writer for the mmCIF file format, which has been the standard PDB archive format since 2014....