上次进行了芯片内的归一化,但是我们的数据来自于10张芯片,为了让这10张芯片之间有可比性,需要进行芯片间归一化。 具体原理就不介绍了。 这里用到Bioconductor的一个package,叫做limma,以及其中的函数normalizeBetweenArrays() 由于normalizeBetweenArrays()需要log intensity或log ratio作为输入,于是先进行log转化: #log t...
上次进行了芯片内的归一化,但是我们的数据来自于10张芯片,为了让这10张芯片之间有可比性,需要进行芯片间归一化。 具体原理就不介绍了。 这里用到Bioconductor的一个package,叫做limma,以及其中的函数normalizeBetweenArrays() 由于normalizeBetweenArrays()需要log intensity或log ratio作为输入,于是先进行log转化: #log t...
package 'gcrma' successfully unpacked and MD5 sums checked package 'genefilter' successfully unpacked and MD5 sums checked package 'geneplotter' successfully unpacked and MD5 sums checked package 'hgu95av2.db' successfully unpacked and MD5 sums checked package 'limma' successfully unpacked and MD5 sums...
现在我们将芯片数据进行了标准化和过滤,也有样品分组和实验分组信息,可以将数据导入 limma 包进行差异表达分析了: > library(limma) > # 将线性模型拟合到过滤之后的表达数据集上 > fit <- lmFit(exprs(celfiles.filtered$eset), design) > # 建立对比矩阵以比较组织和细胞系 > contrast.matrix <- makeContrasts...
BiocManager::install("limma") 安装过程可能需要一些时间,取决于您的网络连接和软件包的大小。安装完成后,您可以使用library函数加载已安装的软件包: 代码语言:txt 复制 上述步骤描述了如何从Bioconductor而不是CRAN安装软件包。Bioconductor提供了许多针对生物信息学和基因组学研究的丰富软件包,可用于基因表达分...
Attaching package: ‘IRanges’ The following object is masked from ‘package:simpleaffy’: members The following object is masked from ‘package:grDevices’: windows .Done. Adjusting for non-specific binding...Done. Normalizing Calculating Expression...
老师，请问您是如何用limma包去筛选差异表达基因的，现在真的很需要您的帮助
paper:BioNet: an R-Package for the Functional Analysis of ... - Bioinformatics 它整合了PPI网络分析和寻找功能模块的需求。 脚本:https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/BioNet/inst/doc/Tutorial.R 教程:https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/BioNet/inst/doc...
Error in library(limma) : there is no package called ‘limma’ > devtools::install_github("Bioconductor/BiocManager", ref="ghost-binary-repo") Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) : there is no package called ‘fs’ ...
biocLite()是安装函数,相当于R中的常用的install.package命令,如果不传递需要安装的包的名称,那么则安装如下的组建。affy, affydata, affyPLM, affyQCReport, annaffy, annotate, Biobase,biomaRt, Biostrings, DynDoc, gcrma, genefilter, geneplotter, GenomicRanges, hgu95av2.db, limma,marray, multtest, vsn,...