Bioconductor - 3.16 AnnotationData Packages Genomic Annotation Resources (bioconductor.org)
以一个旧版本的org.Mm.eg.db包为例。在Bioconductor的包存档页面,所有的包都按照版本进行了分类。 image.png 以下是获取过程: 访问Bioconductor 包存档页面:https://bioconductor.org/packages/3.14/data/annotation/ ↗ 这个链接是 Bioconductor 3.14 版本的数据注释包,你可以根据需要更改版本号。 使用页面的搜索功能...
试开URL’http://bioconductor.org/packages/2.5/bioc/bin/windows/contrib/2.10/affy_1.23.12.zip' Content type 'application/zip' length 2033590 bytes (1.9 Mb) 打开了URL downloaded 1.9 Mb 试开URL’http://bioconductor.org/packages/2.5/data/experiment/bin/windows/contrib/2.10/affydata_1.11.10.zip'...
tryingURL'https://bioconductor.org/packages/3.6/bioc/src/contrib/clusterProfiler_3.6.0.tar.gz'Content type'application/x-gzip'length4478098bytes(4.3MB)===downloaded4.3MB*installing*source*package‘clusterProfiler’...**R**data**inst**byte-compile and preparepackageforlazy loading**help***installing...
无法打开URL'http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor//packages/3.17/bioc/src/contrib/PACKAGES' Warning: 无法在貯藏處http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor//packages/3.17/data/annotation/src/contrib中读写索引: 无法打开URL'http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor//packages...
包含 .rda 或 .RData 格式的数据文件。数据可以通过 data() 函数加载到 R 会话中。data文件夹不...
Fig. 1 | Number of Bioconductor packages for the analysis of highthroughput sequencing data over ten years. 当前的单细胞测序既可以是高通量的,同时测量数千到数百万个细胞;也可以是高维的,同时测量单个细胞内的数千个特征。与大量细胞样品的图谱相比,单细胞数据有两个特征,必须对其进行特殊处理才能获得有意义...
试开URL’http://bioconductor.org/packages/2.5/data/annotation/bin/windows/contrib/2.10/GO.db_2.3.5.zip' Content type 'application/zip' length 15170627 bytes (14.5 Mb) 打开了URL downloaded 14.5 Mb 试开URL’http://bioconductor.org/packages/2.5/data/annotation/bin/windows/contrib/2.10/KEGG.db_...
bioconductor包的大致介绍
打开bioconductor的packages主页(http:///packages/release/BiocViews.html),可以看到bioconductor将packages分成三类:Software、AnnotationData和ExperimentData。而OrgDb就在AnnotationData中下的‘PackageType’下。 PackageType下还有其他众多注释包,如probe、cdf、BSgenmome、MeSHDb等等,他们将在本周的bioconductor专题与大家分...