FDR控制(BH方法) 本文主要是对Yoav Benjamini 和Yosef Hochberg在1995年发表的文章Controlling the False Discovery Rate: A Practical and Powerful Approach to Multiple Testing进行简要总结。 1、为什么要进行多重假设检验 在单个假设检验中,假设m次假设检验相互独立,南无根据上表可得 P(决定正确)=1-α;P(决定错误...
We define an adaptive procedure for control of the false discovery rate that is uniformly more powerful than the procedure of Benjamini and Hochberg. The power gain is tiny, however, and only appreciable for small numbers of hypotheses. We illustrate the new method with the case of two ...
Benjamini and Hochberg FDR (BH) 这是我们最常用的校正控制假阳性率的方式。假设针对个基因进行了统计检验,对所有的原始进行由小到大的排序分别为,校正后的为:。与一致的地方是都乘以了检测总数,不一致的地方是算法在此基础上除去了各个原始的排序值。 具体计算方式见下表(总检测次数为次;控制小于) RankP-value...
在进行多重假设检验时,未加校正的p值可能导致大量假阳性发现。FDR校正旨在控制这一问题,其中一种常用的方法就是Benjamini-Hochberg(BH)方法。本文将介绍FDR校正的基本概念,特别是BH方法,并提供Python代码示例。 ## Python 代码示例 流程图 原创 mob64ca12e8a030...
BH:Benjamini Hochberg本杰明·霍赫伯格 BH:Black Hood黑色发动机罩 BH:Behaviorally handicapped行为障碍者 BH:Boko Haram博科圣地 BH:Buy And Hope购买和希望 BH:Barwon HealthBarwon健康 BH:Bunk House平房 BH:Benzocaine Hydrochloride盐酸苯佐卡因 BH:Blackhawk Helicopter黑鹰直升机 ...
Benjamini, Y. & Hochberg, Y. (1995) Controlling the false discovery rate: A practical and powerful approach to multiple testing. Journal of the Royal Statistical Society, Series B (Methodological). 57(1), 289-300. Benjamini, Y. & Yekutieli, D. (2001) The control of the false discovery ...
How to Interpret Regression Analysis Results: P-values and Coefficients null hypothesis:coefficient is 0,如果p-value小于0.05,我们就可以拒绝零假设。 multiple testing Benjamini and Hochberg's method aggregated FDR FDR with group info Hu, James X., Hongyu Zhao, and Harrison H. Zhou. "False discover...
#Python中的FDR校正:BH方法详解 在生物统计学和数据分析领域,假阳性率(False Discovery Rate,FDR)的控制至关重要。在进行多重假设检验时,未加校正的p值可能导致大量假阳性发现。FDR校正旨在控制这一问题,其中一种常用的方法就是Benjamini-Hochberg(BH)方法。本文将介绍FDR校正的基本概念,特别是BH方法,并提供Python代...
Statistical analysis was performed by Mann–Whitney-U-test and p value corrected by Benjamini Hochberg. F Correlation of gene expression of the pooled BCL2 genes (BCL2, BCL2L1 and MCL-1) and the neural stem cells markers (NES, SOX2 and SOX9) based on single-cell sequencing of GBM cells...
Benjamini–Hochberg procedure Benjamini–Hochberg–Yekutieli procedure 例如,BH: , ,所以q-value的期望即是FDR,所以,求出每个gene的q-value即可 原先每个gene都有自己的p值: 可靠gene的p值满足: 可靠gene的q值满足: 其中,k是gene number号,a是自己设定的0.05,m是所有gene个数,在这里是6; ...