http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtf转bed用Linux命令完全可以实现,因为gtf每一行比较规律,不像fasta和fastq。 1 cat gffcmp.combined.gtf | grep-v exon | cut-f1,4,5,9| cut-f1-d";"| awk'{print $1, $2, $3, $5}'| sed-e's/ /\t/g'| sed-e's/\"//g'> gffcmp.combi...
GTF格式转bed gtf2bed <gencode.v19.annotation.gtf > test.bed convert2bed -i gtf -o bed <gencode.v19.annotation.gtf > test.bed
基因组注释文件GTF格式转换BED格式软件是由艾吉泰康生物科技(北京)有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2018SR896273,属于分类,想要查询更多关于基因组注释文件GTF格式转换BED格式软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
gfftobed 转换GFF3 / GTF到BED 该程序采用GFF3或GTF(基于1)格式的输入基因组注释,并将特定特征转换为6列BED格式(基于0),同时保留注释文件属性列的任何所需字段。 当需要围绕特定特征和唯一ID的基因组间隔时,此功能很有用。 它还可以在每个功能周围添加一个窗口。 处
https://www.jianshu.com/p/847801e8bf92 这篇文章作者写了一个python脚本可以把bed6转化为bed12。本来我是想使用bedtools 把bed12文件提取出fasta文件，得到read的序列信息 所以才这么折腾 后面查了一下，可以直接使用cufflink中的gffread把gtf文件提取出对应的fasta文件 参考链接：https://www.jian...
bedToGenePred input.bed input.GenePred 3. 使用genepredtogtf将GenePred转换为gtf格式 genePredToGtf file input.GenePred input.gtf 附: (1)bed文件格式 BED (Browser Extensible Data) 文件包括3个必须列(chrom,chromStart,chromEnd)三列和9个可选列,并且这些列的顺序是固定的。bed文件一般以‘.bed’作为文件...
https://anaconda.org/[https://anaconda.org/]网站下载bedToGenePred和genePredToGtf 修改为可执行权限: 转...
如果我想要把这个 GTF 文件转为包含一个所有小鼠转录本位置信息的 BED 文件,我都需要哪些行,哪些列呢? 位置信息:需要第一列(chr + 染色体),第 4 列(起始位点 - 1,两者起始位点不同),第 5 列(终止位点 - 1) 转录本 ID:需要第九列的 transcript_id ...
gtf转bed12出错解决方案 当我使用ucsc的get2bed工具(gtfToGenePred + genePredToBed)转换gtf文件为bed12文件时,碰到如下错误 ./gtf2bed12.sh -f buffalo.gtf invalid gffGroup detected on line: NC_006295.1 RefSeq exon3774450.000000 + . gene_id"";transcript_id"unknown_transcript_1";GFF/GTF group unknow...
普惠公司最新研发的PW1000G发动机为GTF发动机,请问GTF是指以下哪种发动机?A.齿轮传动风扇发动机B.开式转子发动机C.涡扇发动机D.桨扇发动机