http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtf转bed用Linux命令完全可以实现,因为gtf每一行比较规律,不像fasta和fastq。 1 cat gffcmp.combined.gtf | grep-v exon | cut-f1,4,5,9| cut-f1-d";"| awk'{print $1, $2, $3, $5}'| sed-e's/ /\t/g'|
先使用convert2bed把gtf转化为bed6文件。再使用别人开发的工具把bed6文件转化为bed12文件。或者使用gtf2bed 链接：https://gffutils.readthedocs.io/en/latest/gtf2bed.html 参考：https://www.jianshu.com/p/847801e8bf92 这篇文章作者写了一个python脚本可以把bed6转化为bed12。本来我是想使用bed...
基因组注释文件GTF格式转换BED格式软件是由艾吉泰康生物科技(北京)有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2018SR896273,属于分类,想要查询更多关于基因组注释文件GTF格式转换BED格式软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
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ml bedops ml bedtools human_gtf_dir=/yourdir/ori_genomic/hg38/gtf mouse_gtf_dir=/yourdir/ori_genomic/mouse/gtf awk '{ if ($0 ~ "transcript_id") print $0; else print $0" transcript_id \"\";"; }' ${human_gtf_dir}/gencode.v32.annotation.gtf | gtf2bed > ${human_gtf_dir}/...
GTF 转化为bed文件 参考文章一 参考文章二 bedops 我的批处理代码 需要安装bedops,安装过程见官网或者使用conda foriin`ls*.gtf`;doawk'{ if ($0 ~ "transcript_id") print $0; else print $0" transcript_id \"\";"; }'${i}|gtf2bed>${i%.gtf*}.bed...
x86_64/genePredToBed chmod u+x gtfToGenePred genePredToBed gtfToGenePred genes.gtf genes.genePred genePredToBed genes.genePred genes.bed 最后编辑于 :2024.10.19 10:39:26 ©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表...
2. 使用bedToGenePred将bed转换为GenePred格式 bedToGenePred input.bed input.GenePred 3. 使用genepredtogtf将GenePred转换为gtf格式 genePredToGtf file input.GenePred input.gtf 附: (1)bed文件格式 BED (Browser Extensible Data) 文件包括3个必须列(chrom,chromStart,chromEnd)三列和9个可选列,并且这些列的...
https://anaconda.org/[https://anaconda.org/]网站下载bedToGenePred和genePredToGtf 修改为可执行权限: 转...
bed文件转换为gtf文件 参考自https://www.biostars.org/p/64346/ 方法: 利用UCSC的bedToGenePred和genePredToGtf进行转换 下载可以用conda下载