http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtf转bed用Linux命令完全可以实现,因为gtf每一行比较规律,不像fasta和fastq。 1 cat gffcmp.combined.gtf | grep-v exon | cut-f1,4,5,9| cut-f1-d";"| awk'{print $1, $2, $3, $5}'| sed-e's/ /\t/g'| sed-e's/\"//g'> gffcmp.combi...
bed文件官方网页: https://m.ensembl.org/info/website/upload/bed.html 前三列：这个例子也只给了前9列的信息 先使用convert2bed把gtf转化为bed6文件。再使用别人开发的工具把bed6文件转化为bed12文件。或者使用gtf2bed 链接：https://gffutils.readthedocs.io/en/latest/gtf2bed.html 参考：http...
基因组注释文件GTF格式转换BED格式软件是由艾吉泰康生物科技(北京)有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2018SR896273,属于分类,想要查询更多关于基因组注释文件GTF格式转换BED格式软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
来源:https://www.jianshu.com/p/4880f1969919 image.png 先使用convert2bed把gtf转化为bed6文件。再使用别人开发的工具把bed6文件转化为bed12文件。 或者使用gtf2bed 链接: https://gffutils.readthedocs.io/en/latest/gtf2bed.html 参考: https://www.jianshu.com/p/847801e8bf92 这篇文章作者写了一个py...
ml bedops ml bedtools human_gtf_dir=/yourdir/ori_genomic/hg38/gtf mouse_gtf_dir=/yourdir/ori_genomic/mouse/gtf awk '{ if ($0 ~ "transcript_id") print $0; else print $0" transcript_id \"\";"; }' ${human_gtf_dir}/gencode.v32.annotation.gtf | gtf2bed > ${human_gtf_dir}/...
将gtf文件转换为bed12格式 小孟在充电关注赞赏支持将gtf文件转换为bed12格式 小孟在充电关注IP属地: 重庆 0.1362024.10.19 10:37:17字数0阅读92 wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/gtfToGenePred wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/genePredTo...
GTF 转化为bed文件 参考文章一 参考文章二 bedops 我的批处理代码 需要安装bedops,安装过程见官网或者使用conda foriin`ls*.gtf`;doawk'{ if ($0 ~ "transcript_id") print $0; else print $0" transcript_id \"\";"; }'${i}|gtf2bed>${i%.gtf*}.bed...
bedToGenePred input.bed input.GenePred 3. 使用genepredtogtf将GenePred转换为gtf格式 genePredToGtf file input.GenePred input.gtf 附: (1)bed文件格式 BED (Browser Extensible Data) 文件包括3个必须列(chrom,chromStart,chromEnd)三列和9个可选列,并且这些列的顺序是固定的。bed文件一般以‘.bed’作为文件...
https://anaconda.org/[https://anaconda.org/]网站下载bedToGenePred和genePredToGtf 修改为可执行权限: 转...
bed文件转换为gtf文件 参考自https://www.biostars.org/p/64346/ 方法: 利用UCSC的bedToGenePred和genePredToGtf进行转换 下载可以用conda下载