大多数BCL-2家族蛋白还含有一个疏水的c端螺旋(α9，这里没有显示，因为它不存在于用于解决该结构的结构中)，参与膜靶向。b，疏水沟是与其他家族成员相互作用的位点，在这种情况下，bcl -2相互作用的细胞死亡介质(BIM)的BH3结构域(绿色)与MCL1结合(红色)(PDB入口2NL9)。相互作用主要是通过相互作用BH3一侧的四...
(a)80与Bcl-xL结合的NMR结构。Ala104、Leu108和Ser122用黄色高亮(PDB:2O1Y)。(b)80与Bcl-2结合的NMR结构。Asp104、Met108和Arg122用黄色高亮(PDB:2o21)。 73R的哌啶环提供了一个优化起点,研究人员首先探究了4-取代哌啶骨架A,构效关系发现随着末端取代基空间位阻的逐渐增加,Bcl...
这里,白血病药物Venetoclax(黄色)主要通过与p2和p4口袋(PDB入口60k)的相互作用与BCL-2结合。 传统上,线粒体外膜通透性(MOMP)被认为是一个全有或全无的事件,一旦做出反应,细胞内的整个线粒体网络就会通透,导致细胞凋亡。活细胞荧光成像的出现使得单细胞水平上MOMP快速完成的可视化成为可能,这为MOMP在细胞中惊人的...
图7. 采用4-取代哌啶骨架A、刚性哌啶骨架B和4-取代哌嗪骨架C三种骨架来探究73R的site 1优化。 图8. (a)81与Bcl-2结合的NMR结构(PDB:2O2F)。(b)81与Bcl-xL结合的NMR结构(PDB:2O2M)。配体周围结合残基的溶剂可及表面用灰色显示。部分图片来源:J. Med. Chem. 2007, 50, 641-662. 优化哌嗪骨架和联苯...
b,疏水沟是与其他家族成员相互作用的位点,在这种情况下,bcl -2相互作用的细胞死亡介质(BIM)的BH3结构域(绿色)与MCL1结合(红色)(PDB入口2NL9)。相互作用主要是通过相互作用BH3一侧的四个疏水残基结合到凹槽内的四个疏水口袋中来介导的(p1-p4)。此外,在相互作用的BH3上的天冬氨酸和槽BH1区域的保守精氨酸之间...
图8. (a)81与Bcl-2结合的NMR结构(PDB:2O2F)。(b)81与Bcl-xL结合的NMR结构(PDB:2O2M)。配体周围结合残基的溶剂可及表面用灰色显示。部分图片来源:J. Med. Chem. 2007, 50, 641-662. 优化哌嗪骨架和联苯基团 随后,研究人员进一步探究...
a、BCL-XL (Protein Data Bank (PDB)条目1MAZ)的球状区结构为典型的BCL-2折叠结构,由α2、α3、α4、α5和α8组成的8个α-螺旋排列形成疏水沟槽(用虚线表示)。BH1、BH2、BH3和BH4结构域的区域分别用黄色、品红、绿色和青色表示。大多数BCL-2家族蛋白还含有一个疏水的c端螺旋(α9,这里没有显示,因为它...
X-ray crystal structure of S55746 in complex with Bcl-2 (PDB:6GL8) The selectivity profile of S55746 demonstrates no significant binding to Mcl-1, BFL-1 (Bcl-2A1/A1) and poor affinity for Bcl-xL. Accordingly, S55746 has no cytotoxic activity on Bcl-xL-dependent cells, such as...
ABT263中753a(R1)和753b(R2)的相应链接甲基在X射线晶体结构(PDB4QNQ)中显示出两种不同的构象。尽管这两种构象的确切比例未知,但两种构象的能量相似。753b的R2接头位点在两种构象中都暴露在溶剂中。然而,753a的R1接头位点在一种构象中暴露在溶剂中,而部分埋在另一种构象中。因此,R2接头位点应该比R1接头位点更多...
将与Bcl-2相比具有45%氨基酸序列同一性、56%序列相似性和3%缺口的Bcl-XL的NMR结构(pdb代码来自蛋白质数据库的1BXL)用作模板。使用同源性-模型化程序MODELLER(4.0版)构建Bcl-2的结构。(A.Sali等《结构、功能和遗传》(Structure,Function,and Genetics),23318-326;和A.Sali,《最新生物技术观点》(Curr.Opin....