大多数BCL-2家族蛋白还含有一个疏水的c端螺旋(α9，这里没有显示，因为它不存在于用于解决该结构的结构中)，参与膜靶向。b，疏水沟是与其他家族成员相互作用的位点，在这种情况下，bcl -2相互作用的细胞死亡介质(BIM)的BH3结构域(绿色)与MCL1结合(红色)(PDB入口2NL9)。相互作用主要是通过相互作用BH3一侧的四...
(a)80与Bcl-xL结合的NMR结构。Ala104、Leu108和Ser122用黄色高亮(PDB:2O1Y)。(b)80与Bcl-2结合的NMR结构。Asp104、Met108和Arg122用黄色高亮(PDB:2o21)。 73R的哌啶环提供了一个优化起点,研究人员首先探究了4-取代哌啶骨架A,构效关系发现随着末端取代基空间位阻的逐渐增加,Bcl...
实施例1同源性模型化人Bcl-2的序列获自基因库(Gene Bank)(进入号gi4557355)(SEQ ID NO1)。将与Bcl-2相比具有45%氨基酸序列同一性、56%序列相似性和3%缺口的Bcl-XL的NMR结构(pdb代码来自蛋白质数据库的1BXL)用作模板。使用同源性-模型化程序MODELLER(4.0版)构建Bcl-2的结构。(A.Sali等《结构、功能和遗传》...
X-ray crystal structure of S55746 in complex with Bcl-2 (PDB:6GL8) The selectivity profile of S55746 demonstrates no significant binding to Mcl-1, BFL-1 (Bcl-2A1/A1) and poor affinity for Bcl-xL. Accordingly, S55746 has no cytotoxic activity on Bcl-xL-dependent cells, such as...
PDB residue numbering has been maintained. Labels of acidic and basic amino acids are colored red and blue, respectively. (C) Free MCL-1. (D) A1 bound to BIM BH3. The four conserved hydrophobic residues/sites and the conserved charged interactions are marked. Peptide amino acid labels are ...
ABT263中753a(R1)和753b(R2)的相应链接甲基在X射线晶体结构(PDB4QNQ)中显示出两种不同的构象。尽管这两种构象的确切比例未知,但两种构象的能量相似。753b的R2接头位点在两种构象中都暴露在溶剂中。然而,753a的R1接头位点在一种构象中暴露在溶剂中,而部分埋在另一种构象中。因此,R2接头位点应该比R1接头位点更多...
将目标 靶点Bcl‑2、CYP17A1、AKR1C4,利用Pymol软件对其去水、清除配体后保存为pdb格式,使用 Autodock软件对蛋白质加全氢,导出为PDBQT格式。 [0064] 运行Autodock进行分子对接,通过配体与受体的结合能评价活性成分和核心靶点 ‑1 间的对接效果,结合能‑7Kcal·mol 为对接状态良好,并利用Pymol软件可视化分子...
sativum were docked in receptor grid generated active sites of Bcl-2 (PDB-ID: 4AQ3) protein using the Glide-Ligand docking tool of Schrdinger Maestro 12.5. Receptor-ligand complex pharmacophore models were generated using the PHASE module, and the binding free energy of the complex was ...
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Interaction of BCL-2 family members. (a) The canonical BH3/surface groove interaction in the family. Structure of BCL-XL(blue surface representation) bound to the amphipathic helical BH3 peptide of BIM (a yellow ribbon indicates its helical structure)27(PDB/3FDL), with its N terminus at th...