第一步,对vcf文件进行压缩。 ## 使用bgzip或bcftools压缩vcf文件 bgzip test.vcf bcftools view test.vcf -Oz -o test.vcf.gz 第二步,构建vcf文件的索引。 ## 使用bcftools构建vcf文件的索引 bcftools index test.vcf.gz 第三步,合并vcf文件。 ## 使用bcftools合并vcf文件 bcftools merge test1.vcf.gz tes...
1. 准备需要合并的VCF文件 假设你有两个 VCF 文件,file1.vcf 和file2.vcf,它们位于当前工作目录中。 2. 安装并配置bcftools工具 bcftools 是htslib 库的一部分,通常与 samtools 一起安装。如果你还没有安装 bcftools,可以通过以下方式安装(以 Ubuntu 为例): ...
3.合并操作: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz > merge.vcf.gz-m, --merge <string> allow multiallelic records for <snps|indels|both|all|none|id>, see man page for details [both]-o, --output <file> write output to a file [standard output]-O, --output-type 'b' compressed BCF;...
1.1 gatk:GatherVcfs | MergeVcfs gatk4提供了两种合并vcf文件的方法,分别是GatherVcfs和MergeVcfs,两个方法都是对相同样本数据集的变异结果进行合并,命令示例如下。 # GatherVcfs gatk GatherVcfs -I concat-a.vcf -I concat-b.vcf -O combine_a_b_samesample_diffsites.vcf # MergeVcfs gatk MergeVcfs...
bcftools isec -p dir -n-1 -c all A.vcf.gz B.vcf.gz dir:输出文件夹 -c:选择变异类型进行处理 -C:求第一个文件有其他文件没有的集合 -f:可筛选FILTER列的信息,如果想筛选PASS的记录可以用 -f PASS 1. 查看VCF文件中的样本的名称 bcftools query -l merge.indel.filter.vcf.gz ...
用bcftools 对每一个压缩好的vcf文件建立index bcftools index f_nist_1_2.vcf.gz 第三步: 用bcftools将压缩好的所有vcf文件进行合并 bcftools merge fc_nist_1_1.vcf.gz fc_nist_1_2.vcf.gz fc_nist_1_3.vcf.gz fc_nist_1_4.vcf.gz fc_nist_2_1.vcf.gz fc_nist_2_2.vcf.gz fc_nist_2_...
bcftools或gatk或vcf-merge或plink合并vcf⽂件bcftools 见命令：bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz gatk 见命令：java -jar picard.jar MergeVcfs \ I=input_variants.01.vcf \ I=input_variants.02.vcf.gz \ O=output_variants.vcf.gz vcf-merge 见命令：vcf-...
bcftools 见命令: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz 参考链接:http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge gatk 见命令: java -jar p
数据处理类命令以view为核心,支持VCF/BCF格式的互转、区域提取、样本筛选等基础操作。filter命令提供基于表达式的高级过滤功能,比如QUAL值阈值设定、深度过滤、基因型缺失处理,这些功能在质量控制环节尤为关键。merge命令实现多文件合并,在整合不同批次或不同实验数据时必不可少。 变异检测模块以mpileup为核心算法,通过...
bcftools query命令可用于提取任何VCF字段。 # 查看vcf文件包含样本名称 bcftools query -l sample.vcf # 查看vcf文件包含样本数量 bcftools query -l sample.vcf| wc -l # 打印POS列信息, head显示前10列 bcftools query -f '%POS\n' sample.vcf|head # 打印CHROM POS REF ALT 4列信息 bcftools query -...