BCFtools 是一款多种实用工具的集合,它可以用于处理VCF文件和二进制的BCF文件。它可以接受VCF格式、压缩的VCF格式以及BCF格式,并能自动检测输入的格式类型。在有索引文件存在的条件下,BCFtools 可以应用于所有场景,在没有索引文件存在时,BCFtools只能应用于部分场景。通常,在同时读取多个VCFs时,必须对它们建立索引和压缩...
vcf-merge 见命令：vcf-merge file1.vcf.gz file2.vcf.gz file3.vcf.gz | gunzip -c > all.vcf plink 见命令：plink --vcf file1.vcf.gz --double-id --make-bed --out file1 plink --vcf file2.vcf.gz --double-id --make-bed --out file2 plink --bfile file1 --bmerge file2....
bcftools view -S samplelistname.txt ALL.genotypes.vcf.gz -Ov > samplelist_1000Genomes.vcf 3. 将多个样本vcf文件合并成一个vcf矩阵 #将vcf进行压缩 bgzip -c -f f_nist_1_2.vcf > f_nist_1_2.vcf.gz #为VCF文件建立index bcftools index f_nist_1_2.vcf.gz # 合并SNP文件 bcftools merge fc...
1. 解释bcftools merge命令的作用bcftools merge 命令用于将多个没有重复样品的 VCF(Variant Call Format)或 BCF(Binary Call Format)文件合并成一个包含多样品的 VCF 或 BCF 文件。该工具在处理大规模基因组数据时非常有用,特别是当需要将来自不同样本或不同研究的数据集整合在一起时。
bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz 参考链接:http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge gatk 见命令: 1 2 3 4 java -jar picard.jar MergeVcfs \ I=input_variants.01.vcf \ I=input_variants.02.vcf.gz \ ...
merge .. merge VCF/BCF files files from non-overlapping sample sets mpileup .. multi-way pileup producing genotype likelihoods norm .. normalize indels 对vcf中的InDel进行对齐 ## 检查SV是否和ref一一对应 bcftools norm --check-ref e --fasta-ref Sp_YY_v2.fa $inputVCF plugin .. run user...
I have compiled a curious test case for bcftools merge: samples.tar.gz This contains vcf.gz files and respective indices for four samples. sample1 contains only the header and no records. sample2 and sample4 contain the same alternative ...
$ bcftools view -cvNg abc.bcf > snp_indel.vcf 生成的结果文件为vcf格式,有10列,分别是:1 参考序列名;2 varianti所在的left-most位置;3 variant的ID(默认未设置,用’.'表示);4 参考序列的allele;5 variant的allele(有多个alleles,则用’,'分隔);6 variant/reference QUALity;7 FILTers applied;8 varian...
tok->values[0] ) tok->values[0] = 1; // mistake in htslib: VCF_* should start with 1 else tok->values[0] = ((int)tok->values[0]) << 1; tok->nvalues = 1; } static void filters_set_info(filter_t *flt, bcf1_t *line, token_t *tok) { assert( tok->hdr_id >=0 )...
vcfconvert.c Prepare for 64-bit positions 5年前 vcffilter.c Merge pull request #1057 from jmarshall/diagnostics 5年前 vcfgtcheck.c Prepare for 64-bit positions 5年前 vcfindex.c Clarify the meaning of the --threads option. 5年前