bcftools concat merge.2.a.vcf.gz merge.3.a.vcf.gz-o-o merge.vcf 还需要注意一点,输入的VCF文件必须是经过bgzip压缩的文件。 3. merge merge命令也是用于合并VCF文件,主要用于将单个样本的VCF文件合并成一个多个样本的VCF文件。用法如下 代码语言:javascript 复制 bcftools merge merge.a.vcf.gz merge.b.v...
bcftools concat merge.2.a.vcf.gz merge.3.a.vcf.gz -o -o merge.vcf 还需要注意一点,输入的VCF文件必须是经过bgzip压缩的文件。 3. merge merge命令也是用于合并VCF文件,主要用于将单个样本的VCF文件合并成一个多个样本的VCF文件。用法如下 bcftools merge merge.a.vcf.gz merge.b.vcf.gz -o merge.vcf...
6.12 bcftools merge [OPTIONS] A.vcf.gz B.vcf.gz […]该命令用于将多个没有重复样品的VCF/BCF文件合并成一个多样品的VCF/BCF文件。如果合并的文件中有重复性的样品名称,程序会自动退出,除非添加 --force-samples 参数,添加参数后会在重复样品名称前添加标记进行输出。例如 A.vcf.gz 含有的样品为S1、S2、...
call 是bcftools查找变异的工具，它取代了bcftools 之前的view caller 用于将多个VCF/BCF文件合并为1个。常常用来将多个染色体的vcf文件合为一个；或者将snp和indel两种不同突变类型的文件合并为1个。 注意：同样用于合并vcf文件， merge 主要是将单个样本的VCF文件合并成一个多个样本的VCF文件。注意：...
bcftools stats 用于生成VCF文件的统计信息,包括变异类型、变异频率、基因型质量等 bcftools merge 用于合并多个VCF文件 bcftools norm 用于对VCF文件进行规范化处理,包括拆分多等位位点、合并相邻位点等 bcftools annotate 用于给VCF文件添加注释信息 参数解释
用于提取VCF文件中的信息,可以根据需要选择提取特定的字段或样本信息 bcftools stats 用于生成VCF文件的统计信息,包括变异类型、变异频率、基因型质量等 bcftools merge 用于合并多个VCF文件 bcftools norm 用于对VCF文件进行规范化处理,包括拆分多等位位点、合并相邻位点等 ...
本篇主要介绍annotate, concat, merge, isec, stats这五个命令。 1. annotate annotate命令有两个用途,第一个是用于注释VCF文件,用法如下
用于提取VCF文件中的信息,可以根据需要选择提取特定的字段或样本信息 bcftools stats 用于生成VCF文件的统计信息,包括变异类型、变异频率、基因型质量等 bcftools merge 用于合并多个VCF文件 bcftools norm 用于对VCF文件进行规范化处理,包括拆分多等位位点、合并相邻位点等 ...
bcftools merge fc_nist_1_1.vcf.gz fc_nist_1_2.vcf.gz fc_nist_1_3.vcf.gz fc_nist_2_1.vcf.gz fc_nist_2_2.vcf.gz fc_nist_2_3.vcf.gz -Oz -o merge.vcf.gz 参考: (1)bcftools官方文档-http://samtools.github.io/bcftools/bcftools.html#statsbcftools(1) Manual Page ...
plot-vcfstats: Open stats file in text mode, not binary (#618). fixrefplugin: Allow multiallelic sites in the-i, --use-id reference. Also flip genotypes, not just REF/ALT! merge: fix gVCF merge bug when last record on a chromosome opened a gVCF block (#616) ...