1.vcf-merge:用于合并多个VCF文件。可以同时处理多个VCF文件,并将它们合并成一个新的VCF文件。 2.vcf-subset:用于提取VCF文件中的特定样本或位点。通过指定样本名或位点范围,可以从VCF文件中提取感兴趣的样本或位点信息。 3.vcf-stats:用于统计VCF文件中的变异信息。该命令可以计算VCF文件中的突变个数、突变类型的...
1.1 gatk:GatherVcfs | MergeVcfs gatk4提供了两种合并vcf文件的方法,分别是GatherVcfs和MergeVcfs,两个方法都是对相同样本数据集的变异结果进行合并,命令示例如下。 # GatherVcfs gatk GatherVcfs -I concat-a.vcf -I concat-b.vcf -O combine_a_b_samesample_diffsites.vcf # MergeVcfs gatk MergeVcfs...
模块名称为vcf-merge,在进行merge操作时,会对文件中的位点进行重排,耗时较长。输入文件需要压缩后创建索引,示例命令如下。 bgzip merge-test-a.vcf.gz && tabix merge-test-a.vcf.gz bgzip merge-test-b.vcf.gz && tabix merge-test-b.vcf.gz /vcftools/bin/vcf-merge merge-test-a.vcf.gz merge-test-...
建立索引,最新版的bcftools 1.11 支持不压缩排序,不过vcf 中染色体顺序要与header中的一致 New --no-index which allows to merge unindexed files. Requires the input files to have chromosomes in th same order and consistent with the order of sequences in the header. (PR #1253; samtools/htslib#1089...
vcf-isec /usr/bin/vcf-merge /usr/bin/vcf-phased-join /usr/bin/vcf-query /usr/bin/vcf-shuffle-cols /usr/bin/vcf-sort /usr/bin/vcf-stats /usr/bin/vcf-subset /usr/bin/vcf-to-tab /usr/bin/vcf-tstv /usr/bin/vcf-validator /usr/bin/vcftools /usr/share/doc/vcftools/README.test /...
可以使用-o选项指定输出文件的路径和名称。 5.示例:以下是使用vcftools进行简单的VCF文件合并的示例命令: ```bash vcf-merge ``` 该命令将和两个文件合并为一个名为的文件。 以上是vcftools的使用手册,具体使用方法和参数选项可以参考官方文档或使用命令行帮助命令获取。
zcat input_data.vcf.gz | ./vcftools --vcf - Applying a filter You can use VCFtools to filter out variants or individuals based on the values within the file. For example, to filter the sites within a file based upon their location in genome, use the options--chr,--from-bp, and--to...
merge_variants将多个gVCF文件合并到一个合并的变体VCF输出中。请注意,这是合并功能的简单试用实现,并具有相当大的限制,例如,如果对任何单个样本的变体位置进行了过滤,则对合并的vcf记录进行过滤。 remove_region删除bed文件中提供的一组区域的所有vcf记录覆盖率。
利用vcftools比较两个vcf文件 2019-12-11 20:27 −... 天使不设防 0 4411 awk:for循环输出文件名 2019-12-09 10:04 −简单来说,有file1.txt, file2.txt, file3.txt file1.txt如下: 1 a 4 d d g file2.txt如下: 2 b g 6 9 0 file3.txt如下: g h g 0 8 h 我现在想把这三个文件...
A set of tools written in Perl and C++ for working withVCF files, such as those generated by the1000 Genomes Project. Project website:https://vcftools.github.io/ License The program package is released under the GNU Lesser General Public License version 3.0 (LGPLv3). See theLICENSEfile for...