在使用 bcftools 合并多个 VCF 文件时,可以按照以下步骤进行操作: 1. 准备需要合并的 VCF 文件 确保所有要合并的 VCF 文件都已经准备好,并且格式正确。这些文件可以是纯文本格式的 VCF 文件,也可以是经过 bgzip 压缩后的 .vcf.gz 文件。 2. 安装并配置 bcftools 工具 首先,需要确保你的系统上已经安装了 bcftoo...
对生成的vcf.gz进行index: bcftools index sample.vcf.gz-t, --tbi generate TBI-format index for VCF files 3.合并操作: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz > merge.vcf.gz-m, --merge <string> allow multiallelic records for <snps|indels|both|all|none|id>, see man page for details [both]...
bcftools index sample2.vcf# 合并为merge.vcfbcftools merge -Ov -o merge.vcf sample1.vcf sample2.vcf 11. VCF文件添加注释信息 输入VCF/BCF文件、fasta格式的参考基因组和可从Ensembl网站下载的GFF 3文件,输出包含注释信息的VCF文件,目前,仅支持Ensembl GFF 3文件。 bcftools csq\-f reference.fa\-g Homo_...
bcftools或gatk或vcf-merge或plink合并vcf⽂件bcftools 见命令：bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz gatk 见命令：java -jar picard.jar MergeVcfs \ I=input_variants.01.vcf \ I=input_variants.02.vcf.gz \ O=output_variants.vcf.gz vcf-merge 见命令：vcf-...
用bcftools 对每一个压缩好的vcf文件建立index bcftools index f_nist_1_2.vcf.gz 第三步: 用bcftools将压缩好的所有vcf文件进行合并 bcftools merge fc_nist_1_1.vcf.gz fc_nist_1_2.vcf.gz fc_nist_1_3.vcf.gz fc_nist_1_4.vcf.gz fc_nist_2_1.vcf.gz fc_nist_2_2.vcf.gz fc_nist_2_...
【Bcftools】合并不同sample的vcf文件,通过bcftools 通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的,这里就需要我们将不同samples的文件进行合并,可以通过vcftools的perl模块进行,但是这种方式对perl的要求较高,且操作比较复杂,这里我们...
对生成的vcf.gz进行index: bcftools index sample.vcf.gz -t,--tbi generate TBI-format index for VCF files 3.合并操作: bcftools mergeA.vcf.gzB.vcf.gz>merge.vcf.gz-m,--merge<string>allow multiallelic recordsfor<snps|indels|both|all|none|id>,see man pagefordetails[both]-o,--output<file>...
1.1 gatk:GatherVcfs|MergeVcfs gatk4提供了两种合并vcf文件的方法,分别是GatherVcfs和MergeVcfs,两个方法都是对相同样本数据集的变异结果进行合并,命令示例如下。 # GatherVcfs gatk GatherVcfs -I concat-a.vcf -I concat-b.vcf -O combine_a_b_samesample_diffsites.vcf ...
1. 查看VCF文件中的样本的名称 bcftools query -l merge.indel.filter.vcf.gz 2. 将含有多个样本的vcf文件拆分成单个样本的vcf文件 # 准备样本list文件sampleListName.txt sample1 sample2 sample3 # 拆分vcf文件 bcftools view -S samplelistname.txt ALL.genotypes.vcf.gz -Ov > samplelist_1000Genomes.vcf...
vcf-merge 见命令: 1 vcf-merge file1.vcf.gz file2.vcf.gz file3.vcf.gz | gunzip -c > all.vcf plink 见命令: 1 2 3 4 5 6 7 plink --vcf file1.vcf.gz --double-id--make-bed --out file1 plink --vcf file2.vcf.gz --double-id--make-bed --out file2 ...