1. 解释bcftools merge命令的作用bcftools merge 命令用于将多个没有重复样品的 VCF(Variant Call Format)或 BCF(Binary Call Format)文件合并成一个包含多样品的 VCF 或 BCF 文件。该工具在处理大规模基因组数据时非常有用,特别是当需要将来自不同样本或不同研究的数据集整合在一起时。
bcftools index f_nist_1_2.vcf.gz 第三步：⽤bcftools将压缩好的所有vcf⽂件进⾏合并 bcftools merge fc_nist_1_1.vcf.gz fc_nist_1_2.vcf.gz fc_nist_1_3.vcf.gz fc_nist_1_4.vcf.gz fc_nist_2_1.vcf.gz fc_nist_2_2.vcf.gz fc_nist_2_3.vcf.gz fc_nist_2_4.vcf.gz -Oz ...
用bcftools 对每一个压缩好的vcf文件建立index bcftools index f_nist_1_2.vcf.gz 第三步: 用bcftools将压缩好的所有vcf文件进行合并 bcftools merge fc_nist_1_1.vcf.gz fc_nist_1_2.vcf.gz fc_nist_1_3.vcf.gz fc_nist_1_4.vcf.gz fc_nist_2_1.vcf.gz fc_nist_2_2.vcf.gz fc_nist_2_3...
3.合并操作: bcftools mergeA.vcf.gzB.vcf.gz>merge.vcf.gz-m,--merge<string>allow multiallelic recordsfor<snps|indels|both|all|none|id>,see man pagefordetails[both]-o,--output<file>write output to a file[standard output]-O,--output-type'b'compressedBCF;'u'uncompressedBCF;'z'compressedVC...
【Bcftools】合并不同sample的vcf文件,通过bcftools 通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的,这里就需要我们将不同samples的文件进行合并,可以通过vcftools的perl模块进行,但是这种方式对perl的要求较高,且操作比较复杂,这里我们...
1.1 gatk:GatherVcfs|MergeVcfs gatk4提供了两种合并vcf文件的方法,分别是GatherVcfs和MergeVcfs,两个方法都是对相同样本数据集的变异结果进行合并,命令示例如下。 # GatherVcfs gatk GatherVcfs -I concat-a.vcf -I concat-b.vcf -O combine_a_b_samesample_diffsites.vcf ...
10. 合并到多个样本的VCF文件 bcftools index sample1.vcf bcftools index sample2.vcf# 合并为merge....
2.2 bcftools:merge 使用的方法为merge,示例如下: bcftools merge merge-test-a.vcf.gz merge-test-b.vcf.gz -o combine_a_b_diffsamples_allsites_bcftools.vcf 该方法也需要实现对所有vcf文件进行压缩并创建索引,否则程序无法运行。 需要注意的就是,merge合并之后,不同软件生成的结果会存在很大的差异,主要是...
因此需要先将生成的突变按照染色体的位置进行排序 需要建立vcf的文件的索引，用于后续分析 这里假设有3个文件，分别是 Breast_1.vcf.gz， Breast_2.vcf.gz和 Breast_3.vcf.gz，我们想知道每一个突变在这3个样本中是否出现 在merge这个文件夹下面，将会生成site.txt这个文件。
bcftools index -t T9_B9_TN_20171226195650_TN_haplotyper.vcf.gz 3. bcftools 合并 vcf 文件 bcftools merge -m snps -f PASS,. --force-samples T8_B8_TN_20171226190133_TN_haplotyper.vcf.gz T9_B9_TN_20171226195650_TN_haplotyper.vcf.gz >merge.vcf...