通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的,这里就需要我们将不同samples的文件进行合并,可以通过vcftools的perl模块进行,但是这种方式对perl的要求较高,且操作比较复杂,这里我们选择使用Bcftools,操作简便。 分三步: 将vcf进行压...
通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的,这里就需要我们将不同samples的文件进行合并,可以通过vcftools的perl模块进行,但是这种方式对perl的要求较高,且操作比较复杂,这里我们选择使用Bcftools,操作简便。 分三步: 将vcf进行压...
/vcftools/bin/vcf-merge merge-test-a.vcf.gz merge-test-b.vcf.gz > combine_a_b_diffsamples_allsites_vcftools.vcf 合并之后会对不同文件中的数据集进行整合,没有变异的位点会自动标记为缺失。 2.2 bcftools:merge 使用的方法为merge,示例如下。 bcftools merge merge-test-a.vcf.gz merge-test-b.vcf....
通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的,这里就需要我们将不同samples的文件进行合并,可... 通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sam...
bcftools index -t T9_B9_TN_20171226195650_TN_haplotyper.vcf.gz 3. bcftools 合并 vcf 文件 bcftools merge -m snps -f PASS,. --force-samples T8_B8_TN_20171226190133_TN_haplotyper.vcf.gz T9_B9_TN_20171226195650_TN_haplotyper.vcf.gz >merge.vcf...
stats命令用于统计VCF文件的基本信息,比如突变位点的总数,不同类型突变位点的个数等。用法如下 bcftools stats view.vcf > view.stats 1. 输出文件中记录了很多类型的统计数据,重点介绍以下几种 基本信息: SN 0 number of samples: 3
解决方案是在合并前对 VCF 文件进行排序。可以使用 sort-vcf.pl(来自 vcftools)或其他 VCF 排序工具进行排序。 重复样品名称:如果合并的文件中包含重复的样品名称,bcftools merge 会自动退出。解决方案是重命名样品或使用 --force-samples 参数,该参数会在重复样品名称前添加标记进行输出。
2.2 bcftools:merge 使用的方法为merge,示例如下: bcftools merge merge-test-a.vcf.gz merge-test-b.vcf.gz -o combine_a_b_diffsamples_allsites_bcftools.vcf 该方法也需要实现对所有vcf文件进行压缩并创建索引,否则程序无法运行。 需要注意的就是,merge合并之后,不同软件生成的结果会存在很大的差异,主要是...
bcftools merge 用于合并多个VCF文件 bcftools norm 用于对VCF文件进行规范化处理,包括拆分多等位位点、合并相邻位点等 bcftools annotate 用于给VCF文件添加注释信息 参数解释 bcftools 命令中常用参数: -f: 用于指定参考基因组文件。 -i: 用于进行过滤,只保留符合条件的位点或样本信息。
My understanding is that the resolution of duplicate sample names is not clever enough to assign a new valid name all the time. It seems likebcftools merge --force-samplesis changing the ID ofAto2:Abut this sample already exists in the VCF causing the renaming attempt to fail. ...