1.Bcftools 从VCF/BCF文件中提取信息 bcftools query命令可用于提取任何VCF字段。# 查看vcf文件包含样本名...
bcftools query-f'%CHROM\t%POS\n'output.vcf.gz|shuf|head-n1000|sort-k1,1n-k2,2n>selected_snps.txt 这个命令的含义是,首先使用 bcftools query 选取输出文件中 SNP 位点的染色体和位置信息,然后使用 shuf 对行进行随机排序,接着使用 head 选取前 1000 行(即 1000 个 SNP 位点),最后使用 sort 对选定...
使用bcftools query -l test.vcf > 453.list 将vcf文件中的样品名提取出来 不使用软件: head -100 all.vcf |grep "#C" |cut -f10-|xargs -n 1 > wild.txt 使用sh脚本 #将453份数据写入变量$sample for sample in $(cat 453.list); #创建每个样本的list文件 do touch list/$sample.list; #将样本...
其中,-O z选项指定输出文件的格式为.gz压缩的VCF格式,-o选项指定输出文件名为merged.vcf.gz,后面跟着需要合并的多个VCF.gz文件名。 提取指定样本的变异信息 准备样本ID文件,这里命名为sample.txt,一个样本一行,然后使用下列参数修改: bcftools view -S sample.txt ordata.vcf.gz -Ov > sampleout.vcf 修改vcf...
bcftools query-f'GQ:[ %GQ] \t GT:[ %GT]\n'file.vcf # 创建bed文件: chr, pos (0-based), end pos (1-based), id bcftools query-f'%CHROM\t%POS0\t%END\t%ID\n'file.bcf # 输出样本的突变位点信息和GT: bcftools query-f'[%CHROM:%POS %SAMPLE %GT\n]'-i'GT='alt''file.bcf...
使用bcftools query -l test.vcf > 453.list 将vcf文件中的样品名提取出来 不使用软件：head -100 all.vcf |grep "#C" |cut -f10-|xargs -n 1 > wild.txt 使用sh脚本 将453份数据写入变量$sample for sample in $(cat 453.list);创建每个样本的list文件 do ...
bcftools query 用于提取VCF文件中的信息,可以根据需要选择提取特定的字段或样本信息 bcftools stats 用于生成VCF文件的统计信息,包括变异类型、变异频率、基因型质量等 bcftools merge 用于合并多个VCF文件 bcftools norm 用于对VCF文件进行规范化处理,包括拆分多等位位点、合并相邻位点等 ...
我在一个文件夹中有136个.vcf文件;我希望从每个文件中提取一些信息,并将输出写入一个.txt文件中,如下所示 [fi1d18@cyan01 snp]$ bcftools query -f '%CHROM\t%POS\t%REF\t%ALT[\t%ID]\n' file.vcf > file.txt 我是一个手动,但需要很长时间;谁能帮助我在任何脚本,以做所有的文件在Linux?谢谢 浏...
本篇主要介绍index, view, query, sort, reheader这五个命令。 02 Variant 分析阶段小结2- 变异寻找碎碎念 写在前面:『思考问题的熊』专栏上次更新还要追溯到4月19号的 Variant 分析阶段小结1-基础碎碎念,过去接近一个月的时间里我分别经历了两次长途出差和电脑无法连接特定网络的持续尴尬。特定网络正是所有以 qq...
bcftools 是一个用于操作和处理 VCF/BCF 文件的软件工具集。它是 samtools 工具集的一部分,用于对比对后的 BAM 文件进行 SNP 和 Indel 的检测。bcftools 可...